很久不見(jiàn)。錯(cuò)過(guò)了很多的詢問(wèn)和回復(fù)，很抱歉。這段時(shí)間在整理我的第一篇paper，大部分涉及的東西不太具有可分享性（其實(shí)也是應(yīng)該記錄的）—————————————————————...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：云南
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ENCODE ChIP-seq數(shù)據(jù) | 從下載到分析 -
環(huán)狀DNA (eccDNA)分析學(xué)習(xí)筆記
最近在學(xué)習(xí)當(dāng)下很火的環(huán)狀DNA（eccDNA）的建庫(kù)技術(shù)以及生信分析，特此記錄。 No.1 去低質(zhì)量&去接頭 這一步需要注意的是低質(zhì)量堿基的quality cutoff, 2...
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如何統(tǒng)計(jì)測(cè)序文件的reads長(zhǎng)度分布記錄今天學(xué)會(huì)的一個(gè)小知識(shí)：統(tǒng)計(jì)測(cè)序文件的reads長(zhǎng)度分布 由于某些原因，需要統(tǒng)計(jì)reads長(zhǎng)度分布對(duì)建庫(kù)方法進(jìn)行質(zhì)控，對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行可用與否的評(píng)估。 有兩個(gè)文庫(kù)：質(zhì)檢差別比...
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單細(xì)胞測(cè)序分析學(xué)習(xí)筆記
這一筆記的主要目的是記錄學(xué)習(xí)和實(shí)踐過(guò)程，所寫皆嘗試過(guò)為可用操作，看到的各位小伙伴有更好的操作歡迎隨時(shí)交流~ 1. 創(chuàng)建 R 4.0以上的conda 環(huán)境[1]： 2. 安裝...
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喜歡的音樂(lè)記錄發(fā)現(xiàn)年紀(jì)越大越容易不記得事情，以前記在本子上，收藏夾里的回憶都因?yàn)檎也坏奖咀印Q了電腦而丟失，再想回去看看時(shí)，幾番尋找都再得不到。凡此過(guò)往，皆為序章，銘記于心。腦子記不住，就...
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科研實(shí)驗(yàn)成功指南 | 低濃度質(zhì)粒真的包不好慢病毒嗎？今天要記錄一個(gè)很實(shí)用的實(shí)驗(yàn)技巧：如題，怎么利用低濃度的質(zhì)粒包好慢病毒嗎？ 慢病毒已經(jīng)成為目前生命科學(xué)領(lǐng)域一個(gè)很常用的進(jìn)行基因表達(dá)調(diào)控的實(shí)驗(yàn)方法了。目前也很多公司商業(yè)化包裝能達(dá)...
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生信-單細(xì)胞分析 | scATAC分析踩坑記錄課題需要某一篇已發(fā)表文章的基于10x Genomics平臺(tái)的scATAC-seq數(shù)據(jù)，于是乎，開(kāi)始了踩坑指南。 No.1 數(shù)據(jù)下載 眾所周知，公共數(shù)據(jù)的下載一般主要有GEO和...
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寫得很好，且非常有幫助的文章?。?！但是博主，按照這個(gè)流程，我發(fā)下一個(gè)問(wèn)題: fasterq-dump轉(zhuǎn)SRA生成的fastq文件可能reads的名字會(huì)被更改，對(duì)于PE測(cè)序不太友好。在fastq-dump里也是需要用到--defline-seq 這個(gè)參數(shù)來(lái)指定reads命名，這樣才可行，找了一圈沒(méi)在fasterq-dump中發(fā)現(xiàn)相應(yīng)參數(shù)呢
生信 | scATAC-Seq數(shù)據(jù)獲?。ǔ靤ra轉(zhuǎn)fq）
部分代碼參考自10x genomics官網(wǎng)[what-is-cell-ranger-atac]，但絕大多數(shù)代碼融入了我自己的思考 1、上游分析（軟件安裝 + 數(shù)據(jù)獲取 + c...
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中山大學(xué)在讀大四學(xué)生，生物技術(shù)專業(yè)，課題方向?yàn)樯镄畔W(xué)。未來(lái)攻讀公共衛(wèi)生碩士學(xué)位。
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人丑就要多讀書呀
