IP屬地：黑龍江
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隨筆1當(dāng)別人都拿你當(dāng)回事的時候，你千萬別拿自己當(dāng)回事；當(dāng)別人都不拿你當(dāng)回事的時候，你可一定要拿自己當(dāng)回事。
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GWAS全流程#02 | 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備寫在前面 gwas整套流程按順序如下： 1.測序數(shù)據(jù)質(zhì)控（fastp） 2.比對&標(biāo)記重復(fù)（bwa，samtools） 3.變異檢測（gatk）...
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GWAS全流程#01 | 變異位點獲得（gatk）寫在前面 原理應(yīng)用部分就不多說了，太多文章了。這里稍微注意一下樣本的選擇問題： 1.盡可能得選擇自然群體（野生個體），或者說遺傳關(guān)系相對較遠(yuǎn)的個...
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基因組注釋01# | 重復(fù)序列注釋（RepeatModler+RepeatMasker）寫在前面 進(jìn)行這部分重復(fù)序列提取和注釋，主要是為了屏蔽基因組的重復(fù)序列，以保證后面基因結(jié)構(gòu)注釋的準(zhǔn)確性。大致的流程如下：1.首先使用Repeat...
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R學(xué)習(xí)筆記1 | 初步認(rèn)識R雖然前期陸陸續(xù)續(xù)間斷學(xué)習(xí)用過R，當(dāng)時感覺自己現(xiàn)在每次用R又要花很多時間重新理解R的語言邏輯，所以想系統(tǒng)學(xué)習(xí)下R語言，主要記錄下自己的R的學(xué)習(xí)過程...
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性染色體的鑒定（GATK4）寫在前面 性別被稱為“進(jìn)化生物學(xué)問題的皇后”，一直是生命科學(xué)領(lǐng)域中最具吸引力和最熱門研究方向之一。而有性生物其性染色體的解析是性別研究的基礎(chǔ)，這...
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De novo組裝#08 | 基因組組裝評估寫在前面 基因組組裝完成后，我們需要對我們組裝好的基因組進(jìn)行一個質(zhì)量評估，質(zhì)量評估主要從連續(xù)性（continuity），完整性（complete...
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De novo組裝#07 | 染色體掛載 （allhic，3d-dna）寫在前面 初始組裝經(jīng)過基因組糾錯（polish）以及去冗余（purge）之后，就可以將其掛載到染色體上，使其由contig/scaffold級別...
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De novo組裝#06 | Scaffolding和gap filling
基于三代測序reads進(jìn)行Scaffold構(gòu)建以及補(bǔ)洞gap filling，我這里只有一種三代測序數(shù)據(jù)CLR，這里就先不做了，而且我看文章做這...