一般我們做GSEA都是先進(jìn)行差異基因分析，然后取差異倍數(shù)排序結(jié)果進(jìn)行GSEA。但如果你沒有條件進(jìn)行差異基因分析也可以進(jìn)行GSEA，這就是ssGSEA(single sampl...
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GSVA + limma進(jìn)行差異通路分析
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Linux 終端登陸后顯示bash-4.2$和（base）的問題問題描述： 同事使用終端時(shí)不下心刪除了用戶下的.bash_profile，然后終端提示符顯示的是bash-4.2$， 而不是 [用戶名@主機(jī)名 路徑]$ 的顯示方式，問我怎么...
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可變剪切——可變剪接及其表觀遺傳調(diào)控
Original 表觀遺傳學(xué)習(xí)小組 Epigenetics表觀遺傳學(xué) 本文根據(jù) 2016 年 8 月復(fù)旦大學(xué)倪挺教授在「表觀基因組學(xué)暑期國際講習(xí)班」中的報(bào)告整理而成，本文采用...
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SCENIC/pySCENIC結(jié)果可視化 2022-11-08適用背景 之前寫了一篇文章介紹四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析[http://m.itdecent.cn/p/71ed43163ce1]，但生成的結(jié)果沒有進(jìn)行可視化，...
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Python單細(xì)胞復(fù)現(xiàn)2022||04-繪制Figure 1本次學(xué)習(xí)資料來源，結(jié)合視頻觀看效果更佳，視頻相關(guān)代碼如下： 視頻如下：https://www.youtube.com/watch?v=uvyG9yLuNSE[https://...
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免疫細(xì)胞注釋-3：B細(xì)胞scRNAseq免疫細(xì)胞注釋： 免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞[http://m.itdecent.cn/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞[http...
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纖維化機(jī)制：Myofibroblast的來源和功能1. 簡介 纖維化是由肌成纖維細(xì)胞在慢性炎癥反應(yīng)中過度沉積細(xì)胞外基質(zhì)（ECM）蛋白引起的疤痕和組織硬化。多種有害刺激（包括毒素、傳染性病原體、自身免疫反應(yīng)和機(jī)械應(yīng)激）能夠誘導(dǎo)...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）細(xì)胞通訊分析之InterCellDB（推斷通訊中感興趣的生物學(xué)功能）作者，追風(fēng)少年i hello，大家好，今天這個(gè)日子相信大家都不會陌生吧，不知道有沒有當(dāng)年復(fù)讀的童鞋，日子很快，恐怕高考之后，再也沒有經(jīng)歷過高中那種煉獄的日子。 今天我們分享一...
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Cellrank：細(xì)胞分化軌跡的新秀說在前面 說到細(xì)胞分化軌跡的推斷，想必很多小伙伴第一會想到的是monocle2這個(gè)軟件，但是它只能做到oneshot，不能捕捉到細(xì)胞分化的動態(tài)過程。另一種高階的算法是RNA速...
