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發(fā)簡信
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Python 腳本之統(tǒng)計(jì)基因組文件中染色體長度及N堿基數(shù)目
模塊介紹 re模塊 re模塊是Python中的正則表達(dá)式調(diào)用模塊，在python中，通過將正則表達(dá)式內(nèi)嵌集成re模塊，程序員們可以直接調(diào)用來實(shí)現(xiàn)正則匹配。 正則表達(dá)式是對(duì)字符...
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interproscan 安裝及運(yùn)行錯(cuò)誤調(diào)試
interproscan interproscan 是個(gè)基因注釋工具，可以一次運(yùn)行實(shí)現(xiàn)多個(gè)數(shù)據(jù)庫的注釋。用戶既可以提交蛋白序列也可以提交核酸序列，還可以對(duì)輸出格式進(jìn)行設(shè)置。 ...
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Linux中的生信軟件管理器-Bioconda
寫在前面 生物信息操作中必不可少的就是各種軟件的安裝，不同于我們習(xí)以為常的Windows操作系統(tǒng)下軟件的安裝，Linux下軟件的安裝通常涉及源碼的編譯和二進(jìn)制文件的下載，不同...
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使用clusterProfiler包對(duì)非模式生物進(jìn)行GO和KEGG的富集分析
clusterProfiler包是Y叔開發(fā)的一個(gè)強(qiáng)大的能進(jìn)行多種功能富集的R包，對(duì)于有OrgDb或AnnotationHub中收錄的物種進(jìn)行GO和KEGG的富集分析非常的方便...
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cufflinks使用-2 (2018-05-29)
更多請(qǐng)了解Cufflinks: http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/ Cufflinks 利用Tophat比對(duì)的結(jié)果（a...
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RNA-seq：轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析處理（上）（2019/05/07更新）
superqun原創(chuàng) 一、流程概括 RNA-seq的原始數(shù)據(jù)（raw data）的質(zhì)量評(píng)估 linux環(huán)境和R語言環(huán)境 raw data的過濾和清除不可信數(shù)據(jù)（clean r...
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RNA-seq基因可變剪切分析
###因?yàn)間tf和fastq的對(duì)應(yīng)關(guān)系，從igenome上打包下載所有hg19的信息## 1. tophat2比對(duì) tophat2 -p 15 -G ../reference...
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shell腳本編程之條件判斷式(一)
前言 只要講到程序的話，那么條件判斷式，即是if-then這種判別式肯定一定要學(xué)習(xí)。因?yàn)楹芏鄷r(shí)候，我們都必須依據(jù)某些數(shù)據(jù)來判斷程序該如何進(jìn)行。 if-then語句 最基本的條...
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Linux之shell腳本編程
前言 本文部分內(nèi)容摘自《Linux命令行與shell腳本編程大全》第11章筆記及構(gòu)建shell腳本一文就夠，僅為學(xué)習(xí)使用。 內(nèi)容 使用多個(gè)命令 創(chuàng)建腳本文件 顯示消息 使用變...
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RNA-seq練習(xí) 第二部分（基因組序列下載，注釋文件下載，索引下載，比對(duì)，比對(duì)質(zhì)控,HTseq-count計(jì)數(shù)，輸出count矩陣文件）參考基因組下載有三大全文網(wǎng)站提供參考基因組下載，它們分別是：1.NCBI （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC (http://h...
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R學(xué)習(xí)筆記（二）- 數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)
前言 學(xué)習(xí)數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)是了解一門編程語言的基礎(chǔ)，以此你可以了解數(shù)據(jù)是如何被存儲(chǔ)、管理以及分析的。R語言作為一門統(tǒng)計(jì)分析語言，具有豐富的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，熟悉這些數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)將十分有助于了解R...
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R學(xué)習(xí)筆記（一） - R的簡介及安裝
前言 R語言系統(tǒng)學(xué)習(xí)第一天 為什么要學(xué)R？ 生命科學(xué)領(lǐng)域高通量測序價(jià)格下降和數(shù)據(jù)量快速增加導(dǎo)致的數(shù)據(jù)摩爾定律 如何去分析高通量的數(shù)據(jù) 高效準(zhǔn)確地提取并精煉出自己所需要的數(shù)據(jù)和...
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本地Blast的安裝與使用
寫在前面 這一篇教程寫于很久之前，那時(shí)候才剛開始學(xué)著記錄下自己的學(xué)習(xí)過程，今天將其正式貼出來，供自己也供讀者參考。 Blast的安裝 說明：BLAST工具是由NCBI所提供。...
