1. Seurat對象查看當(dāng)前的Assay 在進行了SCTransform操作后，矩陣默認會變成SCT矩陣，如果不加設(shè)置，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
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單細胞數(shù)據(jù)處理小細節(jié)匯總 -
10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）基因集打分方法匯總
hello，大家好，今天周一，做一個簡單的匯總，主要針對基因集打分，無論是單細胞還是空間，基因集打分都很普遍，方法也很多，我們來總結(jié)一下。 研究背景 在單細胞轉(zhuǎn)錄組測序中，整...
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R語言多因素cox回歸構(gòu)建預(yù)測模型殺殺 （第一步不作贅述，一般會使用單因素cox或者尋找差異基因等方法，篩選與生存相關(guān)的分子，準(zhǔn)備進行下一步的模型構(gòu)建） 本篇舉例是篩選了12個單因素cox與生存顯著相關(guān)的分子...
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單細胞細胞比例分析方法列舉1.利用箱線圖比較兩類樣本的某個細胞比例差異 比較直觀，但是缺點在于如果單細胞樣本個數(shù)過少且異質(zhì)性大，導(dǎo)致很難有統(tǒng)計學(xué)顯著意義 2.R o/e 比值 好多文章都有用這個，我的...
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TCGA生存模型的構(gòu)建以及模型預(yù)測和評估生存模型的構(gòu)建方法包括：1. Lasso回歸；2. Cox多因素回歸；3. 隨機森林；4. 支持向量機 可以把log_rank_test或cox篩選出的基因單獨做模型構(gòu)建，也...
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使用randomForest包進行隨機森林分析1. 簡介 隨機森林是機器學(xué)習(xí)中的一種分類算法，這個算法在之前分享的TCGA生存模型的構(gòu)建以及模型預(yù)測和評估[http://m.itdecent.cn/p/334254...
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ggplot2自定義函數(shù)方法
ggplot2自定義函數(shù)方法 前言：（百年更新，太懶了實在）最近寫R包和平常使用的時候，有的時候想快速畫一個自己定義好的圖，每一次都要一長串代碼，有點不是很方便，于是想編寫一...
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R語言KEGG通路信息下不下來怎么辦
殺殺報錯信息：Error in download.KEGG.Path(species): 'species' should be one of organisms l 再運行...
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服務(wù)器Jupyter Notebook和Samba的安裝及部署——by不是殺殺Samba是在Linux和UNIX系統(tǒng)上實現(xiàn)SMB協(xié)議的一個免費軟件，由服務(wù)器及客戶端程序構(gòu)成（來自百度百科），簡單來說它可以實現(xiàn)服務(wù)器端（Linux）與Wi...
