1. Seurat對象查看當(dāng)前的Assay 在進行了SCTransform操作后,矩陣默認會變成SCT矩陣,如果不加設(shè)置,后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
1. Seurat對象查看當(dāng)前的Assay 在進行了SCTransform操作后,矩陣默認會變成SCT矩陣,如果不加設(shè)置,后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
hello,大家好,今天周一,做一個簡單的匯總,主要針對基因集打分,無論是單細胞還是空間,基因集打分都很普遍,方法也很多,我們來總結(jié)一下。 研究背景 在單細胞轉(zhuǎn)錄組測序中,整...
殺殺 (第一步不作贅述,一般會使用單因素cox或者尋找差異基因等方法,篩選與生存相關(guān)的分子,準(zhǔn)備進行下一步的模型構(gòu)建) 本篇舉例是篩選了12個單因素cox與生存顯著相關(guān)的分子...
1.利用箱線圖比較兩類樣本的某個細胞比例差異 比較直觀,但是缺點在于如果單細胞樣本個數(shù)過少且異質(zhì)性大,導(dǎo)致很難有統(tǒng)計學(xué)顯著意義 2.R o/e 比值 好多文章都有用這個,我的...
生存模型的構(gòu)建方法包括:1. Lasso回歸;2. Cox多因素回歸;3. 隨機森林;4. 支持向量機 可以把log_rank_test或cox篩選出的基因單獨做模型構(gòu)建,也...
1. 簡介 隨機森林是機器學(xué)習(xí)中的一種分類算法,這個算法在之前分享的TCGA生存模型的構(gòu)建以及模型預(yù)測和評估[http://m.itdecent.cn/p/334254...
ggplot2自定義函數(shù)方法 前言:(百年更新,太懶了實在)最近寫R包和平常使用的時候,有的時候想快速畫一個自己定義好的圖,每一次都要一長串代碼,有點不是很方便,于是想編寫一...
殺殺報錯信息:Error in download.KEGG.Path(species): 'species' should be one of organisms l 再運行...
——by不是殺殺Samba是在Linux和UNIX系統(tǒng)上實現(xiàn)SMB協(xié)議的一個免費軟件,由服務(wù)器及客戶端程序構(gòu)成(來自百度百科),簡單來說它可以實現(xiàn)服務(wù)器端(Linux)與Wi...