緣起 最近在讀Hilary Glasman-Deal的Science Research Writing, 封面長下面這樣: [圖片上傳失敗...(image-19672-17...
IP屬地：寧夏
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Science Research writing 讀書筆記: introduction部分 I
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原始數(shù)據下載專題 | datasets——基因與基因組數(shù)據查詢和獲取的NCBI官方解決方案
背景 原始數(shù)據下載專題到最后一個工具啦，前面介紹的很多工具都是下載原始的測序數(shù)據的，而這個則不同，它是NCBI官方推出的用于查詢和獲取基因、基因組數(shù)據的工具。 NCBI的官方...
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原始數(shù)據下載專題 | 用iSeq下載原始測序數(shù)據
背景介紹 一句話介紹iSeq：Download sequencing data and metadata from GSA, SRA, ENA, and DDBJ datab...
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原始數(shù)據下載專題 | 用ffq下載原始測序數(shù)據
背景介紹 今天要介紹的ffq和昨天的gget是同一個lab出品的，都是加州理工學院的pachterlab，我研究了一下這個實驗室的PI，Dr. Lior Pachter，不看...
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原始數(shù)據下載專題 | gget一個綜合性的生物信息查詢和下載工具
gget的功能跟之前介紹的fastq-dl不一樣，fastq-dl主要是下載測序的原始數(shù)據的，而gget的功能就非常豐富了： 從ensembl下載參考基因組， 獲取指定基因的...
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原始數(shù)據下載專題 | 用fasq-dl下載fastq數(shù)據
萌哥碎碎念 一直以來都想寫一下下載數(shù)據的這些命令和工具，現(xiàn)在剛好收集了一些，可以寫一整個專題。先分別寫，也許之后還能出一個橫評。目前規(guī)劃的軟件有： fastq-dl gget...
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NCBI官方真核生物全基因組注釋流程首次開源！嘗鮮體驗踩坑貼奉上~萌哥碎碎念：NCBI的官方注釋流程一直都是出了名的效果拔群準確度極高，但可惜一直都是非開源的，看到這么好用的工具卻用不到自己的項目里，心里可太刺撓了。終于！最近NCBI開源了...
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datasets使用實例 | 如何批量獲得特定物種的taxonomy信息？
工具 使用到的工具是： datasets jq datasets是NCBI官方的工具，可以直接調用NCBI的API進行信息的查詢，返回的結果是json格式。現(xiàn)在還在活躍開發(fā)中...
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@球果假水晶藍 并沒有 但是想要往這個方向發(fā)展
機器學習/深度學習與基因組學資源搜羅
作為一個genomics方向的研究者，在AI的浪潮中總是避免不了焦慮。擔心被時代拋棄。 在以前，不識字的我們稱之為文盲；再后來，英語不好是地球村的文盲；接著到了信息時代，不會...
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AI Python for Beginners之我見
作為一個十級互聯(lián)網沖浪選手，當看到吳恩達老師出新課的時候就已經無腦沖了。 傳送門：https://learn.deeplearning.ai/courses/ai-pytho...
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機器學習/深度學習與基因組學資源搜羅
作為一個genomics方向的研究者，在AI的浪潮中總是避免不了焦慮。擔心被時代拋棄。 在以前，不識字的我們稱之為文盲；再后來，英語不好是地球村的文盲；接著到了信息時代，不會...
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萌哥修BUG | Ubuntu 22.04.3 LTS如何給根目錄擴展空間
省流版 前提條件： 有root權限 不涉及分區(qū)的刪除增加重新分區(qū) 不需要重啟或者關機 不需要到服務器面前才能操作，遠程也可以完成 step 1： 運行一下df -h知道一下自...
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新手的R包安裝指南：一條命令就可以把任何來源的R包安裝上啦
太長不看版 只需要使用BiocManager::install()就可以把CRAN、bioconductor、GitHub來源的包都安裝上了。 R包安裝的天下三分 安裝R包是...
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【讀者投稿】用Bypy直接下載百度云盤文件到服務器
背景介紹 組學數(shù)據越來越大，數(shù)據傳輸已經成了一個組學合作研究中的重要限制因素。百度云盤是數(shù)據存儲和傳輸?shù)闹匾ぞ撸琤ypy是一個為了解決數(shù)據操作的工具。 它可以通過命令行上傳...
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【文獻速讀】Sequence basis of transcription initiation in human genome
要讀的文章太多了。實在是沒時間把所有的感興趣的文章都精讀一遍。那就借助GPT快速總結一下文章的內容。 文章標題：Sequence basis of transcription...
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用agat把embl格式轉換成gff格式
我最近在用YGAP (Yeast Genome Annotation Pipeline) 做yeast基因組的注釋。 YGAP生成的注釋結果默認是bed格式不是gff格式，并...
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在Linux下用ftp和lftp從FTP站點下載文件
背景介紹 最近我需要通過FTP站點下載合作者提供的測序數(shù)據，因此研究了一下怎么快速地從FTP站點下載文件。 測試的工具主要是ftp和lftp 什么是FTP？ FTP，全稱為“...
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10x scaffolding系列3：使用tigmint糾錯并進行基因組scaffolding
背景介紹 這篇應該是10x genomics數(shù)據輔助基因組組裝的最后一篇，tigmint也是這些軟件之中效果最好的一個，屬于壓箱底的好工具。并且這個軟件是個活著的軟件，相比于...
個人介紹
PhD student in Biology | Genomics | Evolution | TSS | python | R | Machine Learning | R package develop