寫在前面 熱圖，或稱熱力圖，是外文 Heatmap 的直譯。在幾乎所有數(shù)值分析相關(guān)工作中都可以看到。生物信息學(xué)數(shù)據(jù)，自然躲不過。無論是形態(tài)數(shù)據(jù)，還是基因拷貝數(shù)數(shù)據(jù)，或是基因表...
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收藏貼之一 | 寫過熱圖工具的人，給你理清熱圖數(shù)據(jù)標準化 -
UniProt蛋白序列批量下載1，人類所有基因蛋白序列下載 數(shù)據(jù)庫地址：https://www.uniprot.org/tool-dashboard[https://www.uniprot.org/too...
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ggplot2幾種常見的散點圖1，散點圖 結(jié)果示例： 輸入文件示例： 代碼： 2，散點圖+擬合曲線+折線圖 結(jié)果示例： 輸入文件示例： 代碼： 3，散點圖+擬合曲線+部分點標注 結(jié)果示例： 輸入文件示例：...
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獨立性和一致性檢驗 chisq 、McNemar‘s、 kappa2 及可視化定義 Pearson's chi squared test： Pearson卡方檢驗，由著名統(tǒng)計學(xué)家Karl Pearson提出，主要是比較兩個及兩個以上樣本構(gòu)成比以及兩個分...
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數(shù)據(jù)過濾-Trimmomatic
為什么要進行數(shù)據(jù)過濾 二代測序的下機數(shù)據(jù)經(jīng)堿基識別得到的原始序列稱為raw-data。raw-data中可能含有接頭（adapter）、低質(zhì)量序列及N序列（N 表示無法確定堿...
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NGS 數(shù)據(jù)過濾之 Trimmomatic 詳細說明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數(shù)據(jù)過濾對后續(xù)分析至關(guān)重要，去除一些無用的序列也可以提高后續(xù)分析的準確率和效率。Trimmomatic 是...
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TcellExTRECT 利用全外顯子測序（WES）評估腫瘤免疫浸潤程度TcellExTRECT應(yīng)用場景 腫瘤組織的免疫微環(huán)境影響腫瘤進化，可以預(yù)測腫瘤對于免疫療法的反應(yīng)性以及治療預(yù)后。免疫檢查點抑制劑治療已經(jīng)成功的應(yīng)用到腫瘤免疫治療中。但大多數(shù)...
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安裝R包 fatal error: zlib.h: No such file or directory 問題解決
問題 安裝R包（seqinr）時遇到以下問題（缺少config文件）： 從報錯信息可以看出報錯根本原因是找不到zlib.h 問題解決： 1，確認是否安裝zlib 注：上述命令...
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安裝R包時報錯：Error in if (nzchar(SHLIB_LIBADD)) SHLIB_LIBADD else character() :
產(chǎn)生原因 anaconda下安裝的R，R目錄下的/安裝目錄/bin/software/anaconda/lib/R/etc/Makeconf為空 解決版本 1，確定R安裝路徑...
