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shell服務器中安裝R包出現(xiàn)Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 問題時
該錯誤其實是Rlibrary的問題，設置linux共享庫位置配置(LD_LIBRARY_PATH環(huán)境變量的錯誤）完整錯誤如下： Error in...
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一個簡易版提取最長轉(zhuǎn)錄本的方法根據(jù)gff和基因組文件提取最長轉(zhuǎn)錄本有很多工具，但發(fā)現(xiàn)沒有一個適合我的，因為那些工具有各種輸入文件限制，例如GetTransTool[https...
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BUSCO v3版本的安裝教程
這篇專為南農(nóng)張峰老師組的系統(tǒng)發(fā)育基因組學的PLWS pipeline[https://github.com/xtmtd/PLWS]而出一個特定b...
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R install packages on linux當服務器上沒有可視化的Rstudio時，又不想把文件傳下來運行，則需要在服務器上安裝相關R包 一般R的安裝最好用conda安裝：conda in...
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富集分析提取背景基因集序列基因家族的擴張收縮分析中，基于單個物種的的擴張收縮基因家族可使用該物種的基因集作為背景基因集；但如果分析某個祖先節(jié)點的擴張收縮分析情況，背景基因...
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過濾序列比對長度較短的文件
一個很有意思的小腳本，現(xiàn)在寫腳本的思路越來越偏向高效化了。兩個小技巧：1. 這里用python寫文件的話運行速度會慢很多，因此用subproce...
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批量修改基因文件里的基因名
前面提到了可以根據(jù)樹的拓撲結(jié)構生成一系列與物種樹一致的基因樹[http://m.itdecent.cn/p/70107400b233]；但...
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Paml分析過程中根據(jù)Othogroups信息和物種樹生成對應的基因樹
首先根據(jù)系統(tǒng)發(fā)育分析我們得到一個物種樹文件， 對每個單拷貝基因進行正選擇或適應性趨同分析，需要輸入基因樹。因此，我們根據(jù)genelist和物種樹...