單細(xì)胞分析不可避免的會涉及到鑒定不同細(xì)胞類型的功能或比較相同類型在不同狀態(tài)下的功能差異，因此，功能分析在單細(xì)胞分析中相當(dāng)重要. 功能分析的方法很多，這兒我們主要講述3種功能分...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組功能分析（超詳細(xì)clusterProfiler,GSEA,GSVA分析） -
scRNAseq || 堆疊小提琴圖(StackedVlnPlot)的4種實(shí)現(xiàn)方式??最近一直在學(xué)習(xí)單細(xì)胞方面的知識，無意中看到別人的帖子在分享如何畫堆疊的小提琴圖(StackedVlnPlot)，順便就學(xué)習(xí)了一下。發(fā)現(xiàn)StackedVlnPlot圖確實(shí)看...
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臨床研究分類：前瞻性/隊(duì)列/病例對照研究前瞻性的研究 前瞻性的研究(prospective study)是以現(xiàn)在為起點(diǎn)追蹤到將來的研究方法，可彌補(bǔ)回顧性研究的缺陷。 例如臨床心理學(xué)實(shí)驗(yàn)中，對一批A型行為類型者使用自...
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bedtools批量提取基因組指定位置序列
bedtools批量提取基因組指定位置序列 之前已經(jīng)介紹過很多提取序列的方法，有腳本的也有軟件的，這里再介紹一種方法。 用到軟件是bedtools，具體方法如下： Optio...
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GSEA和GSVA，再也不用去下載gmt文件咯前言 我是在y蜀黍的書里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一個(gè)叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R語言化了。那么以后想做G...
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GEO上都是芯片數(shù)據(jù)嗎？GSE開頭的都是芯片嗎看過很多GEO數(shù)據(jù)挖掘的教程，一直都是芯片數(shù)據(jù)舉例。我自己也根據(jù)流程（Taolu）分析過好幾個(gè)geo芯片數(shù)據(jù)。一直有個(gè)疑惑， GEO上都是芯片數(shù)據(jù)嗎？ GSE開頭的都是芯片數(shù)...
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讀《癌癥是一種 代謝病》本書給我們提供了一個(gè)新的視角：癌癥是起因于細(xì)胞核還是線粒體？目前的主流觀點(diǎn)是癌癥是一種遺傳病，言下之意是基因的突變導(dǎo)致了基因程序化表達(dá)有規(guī)律地錯亂，于是脫離正常的細(xì)胞生長周期...
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讀《基因泰克》跟著運(yùn)來兄搭建自己的生物信息小書房。趁年輕，讀幾本硬書，到老了慢慢反芻。 一項(xiàng)技術(shù)如何開啟一個(gè)新的工業(yè)門類？都說21世紀(jì)是生物的世紀(jì)，生物技術(shù)如何從象牙塔里走出來，從一個(gè)領(lǐng)域...
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單細(xì)胞輔助注釋工具-SingleR很多做單細(xì)胞的研究者都提出過這個(gè)問題，是否有直接的功能能對單細(xì)胞直接進(jìn)行注釋，而不是繁瑣的參看文獻(xiàn)，搜索marker，人為對單細(xì)胞進(jìn)行注釋。單細(xì)胞真的可以實(shí)現(xiàn)自動化注釋嗎？我...
