這是目前為止我看到過的關(guān)于ATAC-seq的最新綜述，感興趣的話值得一讀。2020.4.22更新：我看到一個公眾號也翻譯了這篇文章，而且正好跟我這篇翻譯是在同一天發(fā)表http...
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ATAC-seq生信分析綜述翻譯(Genome Biology) -
Monocle3：擬時序分析寫在前面：今天突然想寫這個教程，花了一下午看資料，其實(shí)我前面是有一些基礎(chǔ)的，但是看的還是會很亂，所以想把這個包的脈絡(luò)寫一下，希望能夠可以跟大家討論一下并且自己以后使用這個包的...
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Seurat數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)學(xué)習(xí).1Seurat對象中的Assay: ######################################################################...
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酷狗音樂[kugou music]通過Crash流量轉(zhuǎn)發(fā)繞開公司上網(wǎng)策略組白名單由于公司網(wǎng)絡(luò)IT屏蔽了酷狗音樂，本文介紹如何通過Crash的軟件繞開公司策略組白名單，使用酷狗音樂客戶端的流量轉(zhuǎn)發(fā)功能繼續(xù)愉快聽歌。 電腦連接公司的網(wǎng)絡(luò)，在公司上網(wǎng)策略組白名...
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R語言- ComplexHeatmap 繪制復(fù)雜熱圖示例熱圖（Heatmap）作為展示基因表達(dá)模式最直觀的工具。它經(jīng)常用在分子生物學(xué)文章里（尤其是microarray, RNA-seq相關(guān)論文）直觀地呈現(xiàn)多樣本多個基因的全局表達(dá)量...
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R語言-稀疏矩陣對象格式學(xué)習(xí)-重點(diǎn)理解稀疏矩陣對象的重構(gòu)稀疏矩陣幾乎產(chǎn)生于所有的大型科學(xué)工程計算領(lǐng)域，記錄樣本特征值的稠密矩陣中很多記錄值都是0，由于0不攜帶信息，因此耗費(fèi)空間存儲0元素是很浪費(fèi)資源的行為。而且很多計算只對非零元素...
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Linux 轉(zhuǎn)換 find 命令的返回結(jié)果為 shell array
在shell腳本中，find命令用于搜索給定目錄下符合搜索條件的的文件或子目錄，如命令var=$(find "$PWD" -name "*.tsv")表示搜索當(dāng)前目錄下的所有...
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單細(xì)胞/空間組利用scanpy實(shí)現(xiàn)Seurat的splitby分頁繪圖在使用Seurat時，經(jīng)常需要對不同分類的樣本在同一畫布上進(jìn)行可視化，可以非常方便地通過其DimPlot()函數(shù)的goupyby和spliby等參數(shù)實(shí)現(xiàn)，例如對照組和實(shí)驗(yàn)組，...
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將R環(huán)境下的Seurat RDS格式數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化成為到python環(huán)境下scanpy的anndata格式
無論是單細(xì)胞、空間組還是ATAC的數(shù)據(jù)，有時由于下游分析的需求或可視化的需求，同時由于python的運(yùn)算速度的優(yōu)勢，目前越來越多單細(xì)胞分析的工具開始在python環(huán)境下開發(fā)（...
