單細(xì)胞分析不可避免的會(huì)涉及到鑒定不同細(xì)胞類型的功能或比較相同類型在不同狀態(tài)下的功能差異，因此，功能分析在單細(xì)胞分析中相當(dāng)重要. 功能分析的方法很多，這兒我們主要講述3種功能分...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組功能分析（超詳細(xì)clusterProfiler,GSEA,GSVA分析） -
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組鑒定腫瘤細(xì)胞：CopyKAT和InferCNV如何區(qū)分腫瘤微環(huán)境中的正常細(xì)胞和惡性細(xì)胞，相信是每個(gè)腫瘤單細(xì)胞研究者非常關(guān)注的問題。這兒我們介紹兩個(gè)單細(xì)胞CNV分析的軟件，一個(gè)是2021年1月發(fā)在nature biotec...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析工具（TF，motifs）-SCENIC相信很多專題應(yīng)該已經(jīng)講過SCENIC的使用，這兒，針對(duì)我自己對(duì)SCENIC的學(xué)習(xí)使用，遇到的問題做一個(gè)詳細(xì)的講解說明，希望能對(duì)大家理解學(xué)習(xí)應(yīng)用SCENIC起到一些幫助。 SC...
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單細(xì)胞輔助注釋工具-SingleR很多做單細(xì)胞的研究者都提出過這個(gè)問題，是否有直接的功能能對(duì)單細(xì)胞直接進(jìn)行注釋，而不是繁瑣的參看文獻(xiàn)，搜索marker，人為對(duì)單細(xì)胞進(jìn)行注釋。單細(xì)胞真的可以實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化注釋嗎？我...
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單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Scanpy-多樣本整合和Seurat一樣，Scanpy也提供了多樣本空轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)的整合https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/spatial...
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單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Seurat-多樣本整合（淺談空間批次）單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞分析類似，不可避免的會(huì)遇到多樣本的問題，這就需要使用多樣本整合分析策略Seurat提供了多張切片（slices）整合分析(Merge合并) 單細(xì)胞空間...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之Scanpy - 軌跡推斷/擬時(shí)序分析什么是擬時(shí)序分析？擬時(shí)序（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程。我...
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單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Seurat將空間位置信息和轉(zhuǎn)錄組分析相結(jié)合，對(duì)于癌癥、免疫、腫瘤免疫相互作用，組織微環(huán)境，神經(jīng)和發(fā)育等領(lǐng)域，有著令人期待的應(yīng)用前景。 而作為單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組必備R包Seurat,與時(shí)俱進(jìn)，...
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單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Scanpy將空間位置信息和轉(zhuǎn)錄組分析相結(jié)合，對(duì)于癌癥、免疫、腫瘤免疫相互作用，組織微環(huán)境，神經(jīng)和發(fā)育等領(lǐng)域，有著令人期待的應(yīng)用前景。 單細(xì)胞的一切分析，加前綴Spatial 都是一個(gè)新...