參考鏈接 如何對基因組進行注釋[http://m.itdecent.cn/p/931e9821c45a] 從頭預測,同源注釋和轉錄組整合都會得到一個預測結果,相當于收集...
參考鏈接 如何對基因組進行注釋[http://m.itdecent.cn/p/931e9821c45a] 從頭預測,同源注釋和轉錄組整合都會得到一個預測結果,相當于收集...
對于RNA-seq數(shù)據(jù),有兩種使用策略,一種是使用HISAT2 + StringTie先比對再組裝, 一種是從頭組裝,然后使用PASA將轉錄本比對到基因組上。在本篇教程中,只...
同源預測(homology prediction)利用近緣物種已知基因進行序列比對,找到同源序列。然后在同源序列的基礎上,根據(jù)基因信號如剪切信號、基因起始和終止密碼子對基因結...
前言 最近的推文將是一個大系列,目錄就不放了,可能會有點多,主要涉及了基因注釋,比較基因組學分析,基因家族分析等,大家看我博客的順序就行。 基因注釋參考鏈接[https://...
ONT全長轉錄組測序是指基于牛津納米孔公司(Oxford Nanopore Technologies,ONT)三代測序平臺進行的全長轉錄組測序。利用三代測序平臺長度長 (lo...
作者: 童 蒙編輯:amethyst 可變剪接作為轉錄后修飾的重要環(huán)節(jié),對細胞的活性和疾病的發(fā)生發(fā)展都有廣泛的作用。盡管目前軟件很多,但是軟件間的比較卻比較少。作者系統(tǒng)地...
作者:Arno審稿:童蒙編輯:angelica 前面我們介紹了PacBio三代全長轉錄組測序相關的全長轉錄本鑒定、全長轉錄本比對、全長轉錄本結構分析上篇。 今天我們繼續(xù)介紹包...
我也認為長讀長測序是 RNA 測序的未來!隨著價格的降低和堿基質量的提升,傳統(tǒng)的二代RNA-seq會被逐漸取代。 很多物種的轉錄本非常多樣和復雜,絕大多數(shù)真核生物基因不符合“...
前言:進行RNA-seq入門實戰(zhàn)首先需要有一定的linux與R基礎,推薦跟著B站生信技能樹-jimmy老師學習打牢基礎:【生信技能樹】生信人應該這樣學linux(更新至第14...
最近打算做可變剪切分析,查了做分析的軟件發(fā)現(xiàn)rMATS這個軟件被很多人推薦,于是打算就用它來分析吧。本著方便易懂的原則,搜索了“rMATS安裝教程”。發(fā)現(xiàn)都講的不是很明白而且...
1. 創(chuàng)建小環(huán)境 rMATS是常用的選擇性剪切(alternative splicing)分析軟件。目前最新版是rMATS 4.1.2,已經可以通過conda安裝,步驟如下:...
作者:椰子糖審稿:童蒙編輯:amethyst 可變剪切能夠產生多種類型的mRNA,因此一個基因就可以產生多種不同的蛋白。這個過程極大的增加了mRNA和蛋白質的多樣性??勺兗羟?..
rMATS是常用的選擇性剪切(alternative splicing)分析軟件。目前最新版是rMATS 4.1.2,已經可以通過conda安裝,步驟如下:第一步創(chuàng)建小環(huán)境r...
受人之托,所以又跑到另外一個領域去了,中文的資料還不是很全,所以還是自己動手吧 可變剪切工具大全 HussainAther/awesome-alternative-splic...
數(shù)據(jù)可視化無處不在,而且比以前任何時候都重要。無論是在行政演示中為數(shù)據(jù)點創(chuàng)建一個可視化進程,還是用可視化概念來細分客戶,數(shù)據(jù)可視化都顯得尤為重要。以前的工具的基本不能處理大數(shù)...
rmats是一款比較好的分析可變剪切的分析軟件,將rmats分析的結果,利用rmats2sashimiplot繪畫出的圖也是比較漂亮的, 可變剪切事件: 可變剪切事件可以分為...
miso是一個可變剪接可視化軟件,對mRNA水平或者外顯子水平的可變進行可視化; 官網 https://miso.readthedocs.io/en/fastmiso/#vi...
SUPPA2原理 假設我們已經了解了可變剪切類型:傳送門[http://m.itdecent.cn/p/9c0f837fcab4],那么我們有許多檢測可變剪切的軟件,比...
期刊:Molecular Ecology Resources 影響因子:7.093 文章題目:Single-molecule long-read sequencing rev...