CellChat 三部曲2：使用CellChat 對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 創(chuàng)建目錄以保存圖...
發(fā)簡(jiǎn)信
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CellChat 三部曲2：使用CellChat 對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析 -
空間轉(zhuǎn)錄組去卷積分析工具介紹——CARD簡(jiǎn)介 ??目前，單細(xì)胞技術(shù)發(fā)展迅速，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以幫助我們獲得組織中每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)水平，但卻無(wú)法獲得對(duì)應(yīng)空間位置上的信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)（spatial trans...
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NBIS系列單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)（八）：擬時(shí)序細(xì)胞軌跡推斷第八節(jié)：擬時(shí)序細(xì)胞軌跡推斷 在本節(jié)教程中，我們將學(xué)習(xí)如何通過(guò)擬時(shí)序分析推斷細(xì)胞分化軌跡。slingshot包可以對(duì)單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行細(xì)胞分化譜系構(gòu)建和偽時(shí)間推斷，它...
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記錄運(yùn)行scvelo過(guò)程中的報(bào)錯(cuò)TypeError: Neighbors.compute_neighbors() got an unexpected keyword argument 'write_knn_...
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可能是最全的單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫(kù)匯總（2023更新版本）
Human cell atlas, HCA：https://data.humancellatlas.org/[https://data.humancellatlas.org/...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組雙細(xì)胞判別軟件scDblFinder起因：最近有個(gè)問(wèn)題樣本，跑完cellranger，樣本的cellranger結(jié)果如下，細(xì)胞數(shù)目極高(3W+)。在后續(xù)數(shù)據(jù)質(zhì)控分析中，線粒體基因占比和雙細(xì)胞率均很高，用scDb...
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-3：CellChat常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://m.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開(kāi)的人工校正的，儲(chǔ)存受體、配體以及兩種相互作用...
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NicheNet分析-1.順一遍step_by_step的流程和CellphoneDB不同之處在于重點(diǎn)在受體下游基因\pathway激活情況來(lái)看配體的活性 NicheNet can predict which ligands from ...
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使用scVelo進(jìn)行RNA velocity分析-01scVelo于2020年發(fā)表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
