比較基因組學(xué)分析目錄 1：單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計(jì)算分化時(shí)間[http://m.itdecent.cn/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析[ht...
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比較基因組學(xué)分析3：特異節(jié)點(diǎn)基因家族富集分析（非模式物種GO/KEEG富集分析） -
比較基因組學(xué)分析2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析比較基因組學(xué)分析目錄 1：單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計(jì)算分化時(shí)間[http://m.itdecent.cn/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析[ht...
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基因組結(jié)構(gòu)注釋1. 組裝基因組質(zhì)控 得到組裝好的基因組序列之后，首先要使用多種方法評(píng)估組裝質(zhì)量。這里用到2款可用于基因組組裝質(zhì)量評(píng)估的軟件——QUAST和BUSCO。 1.1 quast—...
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學(xué)會(huì)正確選擇多序列比對(duì)（coding-sequences）軟件前幾天，實(shí)驗(yàn)室的師弟師妹通過本地blast獲取一些沒有基因組注釋物種的蛋白編碼序列。原本以為可以快速地進(jìn)行下一步的選擇壓力分析，沒想到卻在多序列比對(duì)這一環(huán)節(jié)出現(xiàn)了棘手的問題。...
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2020-11-04 一篇線蟲的端對(duì)端基因組組裝的文獻(xiàn)
這篇文獻(xiàn)可能不是很好理解，現(xiàn)在還沒有讀完。文獻(xiàn)已經(jīng)存在noteexpress上。 在這篇文章中發(fā)現(xiàn)了兩個(gè)比較好使的工具，記錄一下。 1. [AGAT]https://gith...
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chipseeker包的一些參數(shù)上的理解關(guān)于tssRegion參數(shù)： 理解：1、TSS是： 轉(zhuǎn)錄時(shí)，mRNA鏈第一個(gè)核苷酸相對(duì)應(yīng)DNA鏈上的堿基它的上游是promoter它的下游就是相應(yīng)的基因 2、做注釋的時(shí)候，需...
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Linux|conda的安裝
1.下載conda(anaconda/miniconda) 適時(shí)的選擇enter/yes/no 2.配置環(huán)境 編寫 3.退出重進(jìn) 4.創(chuàng)建環(huán)境 5.激活環(huán)境 6.搜索 7.安...
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第八、九 章 植物的繁殖一、有性繁殖 植物體產(chǎn)生有性生殖的細(xì)胞，兩個(gè)配子相互融合后形成合子或受精卵。 被子植物花的組成以及花芽分化，被子植物的生命周期是從種子萌發(fā)開始的，經(jīng)過營養(yǎng)生長形成根、莖、葉三...
