一只末流985生物
IP屬地：寧夏
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Orthovenn2，搭建屬于你的比較基因組學(xué)利器寫在前面 近期抽空基于OrthoVenn2給SapBase新增了一個比較基因組方面的模塊。OrthoVenn2可對多物種全基因組直系同源基因簇比較和注釋， 推薦安裝本地版，官...
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://m.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析（Pseudot...
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單細(xì)胞36計
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七、數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化和差異表達(dá)分析1.數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化 (1)標(biāo)準(zhǔn)化 (2)樣本總體分布 (3)樣本之間的相關(guān)性 2.差異表達(dá)分析 (1)limma包分析 (2)edgeR分析 (3)DESeq2分析 3.差異結(jié)果可視化
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搭建PrimerServer2之Web UI界面寫在前面 引物設(shè)計幾乎是每個分子實驗室的研究生必備的一項技能。目前，已經(jīng)有許多成熟的引物設(shè)計軟件供大家使用，如本地版的Primer5以及NCBI上的Primer-BLAST等...
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單細(xì)胞之軌跡分析-7：Seurat+scVelo軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://m.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 單細(xì)胞之軌跡分析-2：mono...
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這個世界流行離開，但我們卻不擅長告別
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NBIS系列單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn)（七）：空間轉(zhuǎn)錄組分析第七節(jié)：空間轉(zhuǎn)錄組分析 在本節(jié)教程中，我們將學(xué)習(xí)空間轉(zhuǎn)錄組的一些分析方法。10X Visium平臺的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)在許多方面是類似于scRNA-seq數(shù)據(jù)的，它包含5-20個...
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空間轉(zhuǎn)錄組第七講：多樣本合并、marker基因分析前面介紹了利用Seurat對10x空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)單個樣本進(jìn)行數(shù)據(jù)預(yù)處理、降維、聚類分析。今天來繼續(xù)分享怎么整合多個空間轉(zhuǎn)錄組樣本，同時進(jìn)行聚類和分析marker基因。跟單細(xì)胞...
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【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（四）R下游分析的探索性代碼示例舊號無故被封，小號再發(fā)一次 更多空間轉(zhuǎn)錄組文章： 1. 新版10X Visium 【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（一）Space Ranger 1.0.0(更新于20191...
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Connected Papers，豐富你的知識儲備寫在前面 近期考研分?jǐn)?shù)已經(jīng)公布，9月份在各個科研領(lǐng)域又將注入一大波新鮮的科研血液。那么，初入茅廬的研究生新生，該如何快速并精確地掌握一個研究領(lǐng)域相關(guān)的知識呢？當(dāng)然是通讀本領(lǐng)域...
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什么？！聽說你還在用viroBlast搭建本地Blast網(wǎng)站？快換成美美噠SequenceServer！寫在前面 剛開始整數(shù)據(jù)庫的時候，用過viroBlast搭建Blast服務(wù)，詳見用viroblast搭建本地blast網(wǎng)站 - 簡書 (jianshu.com)[https:/...
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@寒山夢琦 哈哈是啊
震驚！！KEGG官方工具能夠完成任何物種的KEGG注釋?。?！
寫在前面 之前介紹過使用EggNOG-mapper對非模式物種快速完成KEGG注釋的推文https://mp.weixin.qq.com/s/kIf6C2u3FID3ZeLt...
