深度（depth）與覆蓋度（coverage） 假想實(shí)驗(yàn) 對(duì)長100bp的目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行捕獲測(cè)序：采用單端測(cè)序，每個(gè)read長5bp；總共得到了200個(gè)reads；把所有的re...
IP屬地：江蘇
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計(jì)算測(cè)序深度和覆蓋度
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用clusterProfile進(jìn)行非模式物種且沒有參考基因組的GO和KEGG富集分析
新組裝的基因組并沒有上傳和生成RefSeq基因組信息。而且一系列需要or.db或者構(gòu)建or.db的步驟嘗試構(gòu)建數(shù)據(jù)庫都不成功，要么缺乏物種信息，要么缺乏gene symbol...
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一起學(xué)畫圖：氣泡圖—常用于富集分析
公眾號(hào)原文點(diǎn)我[https://mp.weixin.qq.com/s/sVWseQoyxL5tEM5PDf-iuQ] Part 1 ：氣泡圖 氣泡圖是散點(diǎn)圖的一種變體，一般的...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中的秩和檢驗(yàn)與t檢驗(yàn)在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的過程中，尋找差異基因的過程需要用到對(duì)基因統(tǒng)計(jì)的假設(shè)檢驗(yàn)（例如函數(shù)FindAllMarkers中的test.use參數(shù)），我們這里來深入了解一下假設(shè)檢驗(yàn)的方法...
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R語言ggplot2一幅好看的頻率分布直方圖實(shí)例推文內(nèi)容來自于鏈接 https://www.andrewheiss.com/blog/2021/12/18/bayesian-propensity-scores-weight...
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使用fastp進(jìn)行數(shù)據(jù)質(zhì)控
fastp是一款較新的數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件，接觸這個(gè)軟件也是由于目前市場(chǎng)的軟件各有功能但是功能都不是很全，譬如最近接觸到一個(gè)RNAseq數(shù)據(jù)，質(zhì)量較差，需要去除接頭而且含N較多，序列...
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BSA分析：GATK4的使用(包括bwa)
注意：版本不同，命令會(huì)不一致。一定要用對(duì)應(yīng)的版本。 需要登錄google賬戶 GATK3的下載地址[https://console.cloud.google.com/stor...
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samtools使用大全
samtools是一個(gè)用于操作sam和bam文件（通常是短序列比對(duì)工具如bwa,bowtie2,hisat2,tophat2等等產(chǎn)生的，具體格式可以在消息框輸入“SAM”查看...
