發(fā)簡信
IP屬地：北京
-
-
TCGA轉(zhuǎn)錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉(zhuǎn)換）測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
-
我這一步目前沒有出現(xiàn)過報錯，代碼沒有寫錯，請問報錯的信息什么呢
基于R對TCGA患者臨床數(shù)據(jù)整理和Cox分析
一、數(shù)據(jù)整理 1 導入數(shù)據(jù) 利用data.table包導入數(shù)據(jù)，以LUAD為例 2 選擇感興趣的臨床信息 一般常規(guī)項包括submitter_id，vital_status，t...
-
這個應該得到的是生存期（以月份為單位）
基于R對TCGA患者臨床數(shù)據(jù)整理和Cox分析
一、數(shù)據(jù)整理 1 導入數(shù)據(jù) 利用data.table包導入數(shù)據(jù)，以LUAD為例 2 選擇感興趣的臨床信息 一般常規(guī)項包括submitter_id，vital_status，t...
-
您的意思是clin還是臨床數(shù)據(jù)，
臨床數(shù)據(jù)在xena官網(wǎng)下載的。
clin就是前面整理好的phe，我換了個名稱，那里寫得有點問題，少了一行賦值代碼 clin <- phe ， “三、COX回歸分析”部分有基于R對TCGA患者臨床數(shù)據(jù)整理和Cox分析
一、數(shù)據(jù)整理 1 導入數(shù)據(jù) 利用data.table包導入數(shù)據(jù)，以LUAD為例 2 選擇感興趣的臨床信息 一般常規(guī)項包括submitter_id，vital_status，t...
-
RStudio Version 1.3.959
R3.6基于R對TCGA患者臨床數(shù)據(jù)整理和Cox分析
一、數(shù)據(jù)整理 1 導入數(shù)據(jù) 利用data.table包導入數(shù)據(jù)，以LUAD為例 2 選擇感興趣的臨床信息 一般常規(guī)項包括submitter_id，vital_status，t...
-
就是phe，我換了個名稱，那里寫得有點問題，少了一行賦值代碼 clin <- phe ， “三、COX回歸分析”部分有
基于R對TCGA患者臨床數(shù)據(jù)整理和Cox分析
一、數(shù)據(jù)整理 1 導入數(shù)據(jù) 利用data.table包導入數(shù)據(jù)，以LUAD為例 2 選擇感興趣的臨床信息 一般常規(guī)項包括submitter_id，vital_status，t...
-
-
免疫學碩士一枚～<br>生信熱愛者但是小白一枚~<br>目前成就為0~<br>加油哦，一大波成就正在路上啦~<br>啾~豬莎要加油哦~
-
閑云野鶴邢岫煙——紅學家為什么評她是"書中第一流人物"?邢岫煙，在群星璀璨的大觀園中，她似乎是最不起眼的一個。 她出身寒微，才華也不算出眾，但是作者卻給她取了一個非常有詩意的名字——岫煙。 讓人忍不住想起“云無心以出岫，鳥倦飛而知...
-
-
利用PYTHON爬取上市公司年報并生成財務分析
因為小編是一個比較懶的人，所以有時候就想能不能通過一些方式提高日常工作中那些定時定點需要做的工作，于是在閑暇時間抱著聯(lián)系python的目的寫下了這段關于財務分析的代碼，感謝去...
-
您是說我導入的數(shù)據(jù)嗎，是從xena數(shù)據(jù)庫下載的
基于R對TCGA患者臨床數(shù)據(jù)整理和Cox分析
一、數(shù)據(jù)整理 1 導入數(shù)據(jù) 利用data.table包導入數(shù)據(jù)，以LUAD為例 2 選擇感興趣的臨床信息 一般常規(guī)項包括submitter_id，vital_status，t...
-
TCGA數(shù)據(jù)差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選，多因素cox建模，時間依賴ROC曲線及KM plot可視化）測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
-
用RStudio制作簡歷最簡單的辦法很早的時候，我給自己做過一個個人簡歷[swcyo.gitee.io/cv]的網(wǎng)站并上傳到Github上了，但是由于Github很不穩(wěn)定，所以我又導到碼云上，不得不說碼云確實很...
-
寶藏R包tinyarray：常用圖表一鍵收走最近抽空整理了以前寫的函數(shù)，規(guī)范tinyarray包，反復檢查和優(yōu)化，調(diào)整了好久，終于得到下面的check結(jié)果 今天把他提交到CRAN了(是提交不是接收哈，沒有那么快)整理了...
-
查找基因的啟動子、UTR、TSS等區(qū)域以及預測轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點
基礎知識 首先我們了解一些基礎知識（注：文中圖片皆可點擊放大查看！）： 啟動子（promoter）：與RNA聚合酶結(jié)合并能起始mRNA合成的序列。轉(zhuǎn)錄起始點（TSS）：轉(zhuǎn)錄時...
-
生信 | ATAC-Seq基礎分析+高級分析+多組學分析寫在前面 其實很多作者已經(jīng)探索的差不多了，相關腳本、教程也很多，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時候感覺是浪費時間，但是在寫的時候能發(fā)現(xiàn)并學習到很多新的知識，不斷記錄反思，也...
-
ggcor | 相關分析和可視化的擴展工具昨天在明哥的公眾號【小明的數(shù)據(jù)分析筆記本】上看到了他正在探討一幅相關性矩陣圖。 這幅圖其實就是通過Mantel test檢驗統(tǒng)計，可視化環(huán)境變量矩陣（如pH，有機碳，總氮，鹽...
