小編導(dǎo)讀 對(duì)于我們多數(shù)同學(xué)來說，ggplot2 絕對(duì)是數(shù)據(jù)可視化的神兵利器。然而，面對(duì)日益復(fù)雜的科研需求（例如多組學(xué)數(shù)據(jù)展示、系統(tǒng)發(fā)育樹結(jié)合、生存分析、空間轉(zhuǎn)錄組映射等），基...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：江蘇
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ggplot2 擴(kuò)展包精選集 - 生信實(shí)戰(zhàn)指南
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中國春基因ID版本遷移指南：從v1.1到v2.1的實(shí)用映射方案
隨著小麥基因組注釋版本的不斷更新，中國春（Chinese Spring）參考序列的基因編號(hào)也從舊版逐步遷移到新版。對(duì)于經(jīng)常處理轉(zhuǎn)錄組、比較基因組或重測(cè)序數(shù)據(jù)的生信研究者來說，...
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|BACPHLIP：一鍵區(qū)分溫和/烈性噬菌體1. 小編導(dǎo)讀 噬菌體是地球上數(shù)量最多、遺傳最多樣的生物實(shí)體，它們?cè)谖⑸锷鷳B(tài)調(diào)控、宿主進(jìn)化乃至人類醫(yī)療（如噬菌體療法）中都扮演著關(guān)鍵角色。對(duì)于研究人員而言，快速準(zhǔn)確地判斷一...
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CroCoDeEL：無對(duì)照準(zhǔn)確檢測(cè)宏基因組數(shù)據(jù)中交叉樣本污染小編導(dǎo)讀 從上圖的這篇嬰兒間的菌株傳播塑造了正在發(fā)育的腸道微生物群的文章中看到利用了這個(gè)去污染的方法，比較好奇，分享學(xué)習(xí)一下！雖然暫時(shí)還是預(yù)計(jì)印的狀態(tài)，相信不久就會(huì)發(fā)表在給力...
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發(fā)育中人類大腦的單細(xì)胞蛋白質(zhì)組景觀在復(fù)雜人類組織中以單細(xì)胞分辨率分析蛋白質(zhì)豐度和動(dòng)態(tài)具有挑戰(zhàn)性。鑒于人類大腦皮層研究中轉(zhuǎn)錄本與蛋白質(zhì)豐度的不一致，研究者開發(fā)了一種優(yōu)化工作流程，結(jié)合無標(biāo)記單細(xì)胞質(zhì)譜與精確樣本準(zhǔn)...
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PanMAN: 壓縮式泛基因組學(xué)的突破性技術(shù)小編導(dǎo)讀 在基因組學(xué)研究進(jìn)入泛基因組時(shí)代的今天,數(shù)據(jù)存儲(chǔ)和處理效率成為制約大規(guī)模研究的關(guān)鍵瓶頸。想象一下,800萬條SARS-CoV-2基因組序列只需要366 MB的存儲(chǔ)空間...
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vConTACT3：機(jī)器學(xué)習(xí)驅(qū)動(dòng)的精準(zhǔn)病毒分類工具【小編導(dǎo)讀】 隨著宏基因組學(xué)和病毒組學(xué)的快速發(fā)展，病毒基因組的數(shù)量呈指數(shù)級(jí)增長(zhǎng)。如何對(duì)海量病毒基因組進(jìn)行準(zhǔn)確的分類學(xué)分類，成為病毒學(xué)研究的重要挑戰(zhàn)。今天小編為大家介紹一款發(fā)表...
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千萬免疫細(xì)胞繪制"中國地圖"：首個(gè)人群級(jí)免疫多組學(xué)圖譜出爐小編導(dǎo)讀 隨著單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展，構(gòu)建全面的人類免疫細(xì)胞圖譜已成為理解免疫系統(tǒng)功能和疾病易感性的重要基礎(chǔ)。然而，現(xiàn)有的大型免疫細(xì)胞圖譜資源主要集中在歐洲人群，對(duì)亞洲人...
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重磅發(fā)布 | QIIME 2 2025.10 正式上線！可視化神器更新，2026新版搶先看大家好！QIIME 2 2025年的第二個(gè)完整版本（2025.10）現(xiàn)已正式發(fā)布！ 本次更新干貨滿滿，不僅引入了全新的可視化整合報(bào)告功能，還對(duì)底層的框架和安全性進(jìn)行了重要升級(jí)...
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只有菌名如何繪制進(jìn)化樹？可能我們?cè)谖恼轮幸灿锌吹竭@種類似的進(jìn)化樹圖，精確度可能只到門級(jí)別，常用于展示不同門或類群間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系及相對(duì)豐度，也好奇這種圖是怎么出的，今天就來簡(jiǎn)單探索下如何批量畫出這種...
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GPU加速GWAS分析--quickdrawquickdraw是一種可擴(kuò)展的方法，可以進(jìn)行數(shù)量和二元性狀的全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）。研究人員將Quickdraws應(yīng)用于405088個(gè)英國生物庫樣本的79個(gè)定量性狀和...
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【生物信息新利器】LexicMap：百萬級(jí)原核基因組序列比對(duì)大家好，今天小編分享一個(gè)親測(cè)給力的生物信息學(xué)新工具——LexicMap。 ??LexicMap是一個(gè)核苷酸序列比對(duì)工具，專為高效查詢基因、質(zhì)粒、病毒或長(zhǎng)讀長(zhǎng)序列設(shè)計(jì)，能夠應(yīng)對(duì)高...
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GPU加速生物信息分析的嘗試GPU工具分類 實(shí)話實(shí)說，暫時(shí)只有英偉達(dá)的GPU才能實(shí)現(xiàn)比較方便的基因組分析集成化解決方案，其他卡還需要努力呀，或者需要商業(yè)公司或?qū)W術(shù)團(tuán)體的努力開發(fā)呀！FPGA等這種專用卡的...
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兩個(gè)人群填充參考（CHN100K和NARD）分別是中國人群和東北亞人群的填充參考，測(cè)試了下，中國人群的參考注冊(cè)還是相對(duì)友好的，沒有像有些網(wǎng)站一樣嚴(yán)格限制。東北亞的沒有測(cè)試，兩個(gè)數(shù)據(jù)庫的特點(diǎn)都是包含了少數(shù)民族，研究朝鮮或...
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neural-admixture：基于AI的快速基因組聚類最近學(xué)習(xí)祖源分析方面的內(nèi)容，發(fā)現(xiàn)已經(jīng)有了GPU版的軟件，可以幾十倍地加快運(yùn)算速度，推薦使用！小數(shù)據(jù)集的話家用顯卡即可hold住，十分給力！ADMIXTURE 是常用的群體遺傳...
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QIIME2宏基因組學(xué)教程--2024年春季萊頓和蘇黎世教程最近在qiime2論壇發(fā)現(xiàn)有人發(fā)布了qiime2宏基因組的教程，這里分享一下，只是alpha版本，不成熟，大家謹(jǐn)慎了解。qiime2的專用格式對(duì)于折騰宏基因組還是有點(diǎn)不妥的，...
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STENSL:使用公共數(shù)據(jù)進(jìn)行微生物溯源與環(huán)境選擇feast團(tuán)隊(duì)的小幅更新之作，比較可惜的是由于發(fā)表的雜志影響不大，迄今引用只有個(gè)位數(shù)，相信這好酒香一定會(huì)飄出深巷子的。微生物源追蹤分析已成為一種廣泛的技術(shù)，用于表征復(fù)雜微生物...