簡介 plot1cell包提供了多種單細(xì)胞數(shù)據(jù)可視化的高級功能，可以基于Seurat分析結(jié)果對象直接進(jìn)行可視化繪圖，主要依賴于Seurat V4，circlize，Compl...
IP屬地：遼寧
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plot1cell：優(yōu)雅的可視化你的單細(xì)胞數(shù)據(jù) -
seurat-ScaleData()源碼解析一、ScaleData()簡介 單細(xì)胞基因表達(dá)counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過NormalizeData()歸一化處理后，還需要進(jìn)行scale標(biāo)準(zhǔn)化。ScaleData()[http...
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shell腳本編程書籍筆記-6章環(huán)境變量
前言 學(xué)習(xí)shell腳本ing…… 本章關(guān)鍵詞 全局、局部環(huán)境變量；PATH變量；創(chuàng)建變量；系統(tǒng)啟動文件和本地啟動文件；定制環(huán)境變量；數(shù)組變量。 目錄 1.環(huán)境變量及創(chuàng)建自己...
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shell腳本編程書籍筆記-11章構(gòu)建基本腳本
前言：學(xué)習(xí)寫shell腳本ing…… 本章概要： 多命令分號分開 ,創(chuàng)建shell腳本,美元符引用變量，變量賦值， 反引號或$()捕獲命令輸出，大于號重定向輸出結(jié)果，雙大魚...
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課程會在2019年9月底之前錄制完畢并上線： 課程說明在：https://mp.weixin.qq.com/s/AV2uTbsvJGBRq_zv7yDmNg 所有代碼在：https://github.com/jmzeng1314/scRNA_smart_seq2 觀看鏈接 手機(jī)微信觀看（推薦）：http://jm.grazy.cn/wechat/course/detail?cid=53 電腦瀏覽器的鏈接 http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=53
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最新更新，解決大部分安裝問題
###看安裝在那個文件夾
.libPaths()
#看已經(jīng)安裝的
#installed.packages()
#看能安裝的
#available.packages()
#卸載某個包
#remove.packages()
#安裝Bioconductor
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
#一語句安裝,當(dāng)前一條行不通，再下一條
install.packages()
#此為bioc安轉(zhuǎn)例子
#檢查是否安裝Bioconductor成功
BiocManager::available()
#下載所需的RTCGA包
library(BiocManager)
BiocManager::install('RTCGA')
#安裝TCGA相關(guān)包
BiocManager::install('TCGAbiolinks')
BiocManager::install('GenomeInfoDbData')
library(GenomeInfoDb)
(.libPaths())
library(TCGAbiolinks)
install.packages('GenomeInfoDbData')R包安裝3種來源及錯誤匯總（留言不斷更新……）
? 如果把R比作操作系統(tǒng)，那么R packages就是系統(tǒng)中各種軟件，這些軟件能夠處理各種數(shù)據(jù)。 推薦鏡像這樣設(shè)置下載快點(diǎn)（cran為清華鏡像，bioc為中科大） ``` o...
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R包安裝3種來源及錯誤匯總（留言不斷更新……）
? 如果把R比作操作系統(tǒng)，那么R packages就是系統(tǒng)中各種軟件，這些軟件能夠處理各種數(shù)據(jù)。 推薦鏡像這樣設(shè)置下載快點(diǎn)（cran為清華鏡像，bioc為中科大） ``` o...
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三、cluster-熒光成簇-橋式PCR
?IlluminaSequencingbySynthesis(合成測序) https://www.bilibili.com/video/av65485492/ 結(jié)合上面視頻更...
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WGCNA學(xué)習(xí)：WGCNA分析實(shí)戰(zhàn)WGCNA筆記第三彈 WGCNA分析原理 WGCNA應(yīng)用場景 WGCNA分析實(shí)踐 本代碼借鑒了生信技能樹的WGCNA教程以及PlanTech的WGCNA課程編寫，轉(zhuǎn)載請注明出...
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單細(xì)胞實(shí)戰(zhàn)(1)：原始測序數(shù)據(jù)下載
前言 目前的課題是10X單細(xì)胞測序(植物方面)，之前已經(jīng)把所有的流程基本走過一遍，現(xiàn)在就將自己的學(xué)習(xí)過程整理成筆記給大家分享一下，我在學(xué)習(xí)單細(xì)胞分析的時候主要跟著單細(xì)胞天地的...
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生信技能樹單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘筆記(4)生信技能樹單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘筆記(1)：數(shù)據(jù)讀入[https://www.zhouxiaozhao.cn/2020/10/24/ScRNAseq(7)/] 生信技能樹單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖...
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單細(xì)胞實(shí)戰(zhàn)(4)：STAR與cellranger結(jié)果比較前言 本次主要使用Seurat比較STAR與Cellranger的輸出結(jié)果，只會進(jìn)行簡單的聚類工作。 數(shù)據(jù)讀入 數(shù)據(jù)比較 根據(jù)箱線圖，直方圖和矩陣的基本信息，可以看到STAR...
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生信技能樹單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘筆記(1)前言 最近有幸加入生信技能樹的單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘嘗鮮群[https://mp.weixin.qq.com/s/3XyA-DXRzL8JuJlnV3LW0Q],借此機(jī)會給大家分享一...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial同系列文章： sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[http://m.itdecent.cn/p...
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聯(lián)川生物信息云平臺，讓科研更自由
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捋一遍單細(xì)胞測序分群鑒定——基于seurat官網(wǎng)和網(wǎng)上資料~
?在看完seurat官方分群教程后 https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html 感覺又收獲很多東西，決定寫下...
