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用mummer畫圖吧，可以按自己想要的順序，dotplotly會自動排序設(shè)置不了，除非自己修改腳本
dotPlotly－Minimap2比對paf文件比對可視化
最近進(jìn)行基因組共線性分析，基因組比較大，利用nucmer比對報(bào)內(nèi)存，改用minimap2進(jìn)行比對分析，進(jìn)行可視化發(fā)現(xiàn)dotPlotly[https://github.com/...
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沒有什么不是認(rèn)真搞不定的?。。?/div>
基因組太大，共線性，minimap比對調(diào)整-f，nucmer調(diào)整-c，不易爆內(nèi)存??
dotPlotly－Minimap2比對paf文件比對可視化
最近進(jìn)行基因組共線性分析，基因組比較大，利用nucmer比對報(bào)內(nèi)存，改用minimap2進(jìn)行比對分析，進(jìn)行可視化發(fā)現(xiàn)dotPlotly[https://github.com/...
修改dotPlotly腳本，加上expand=c(0,0) 這句話 scale_x_continuous(breaks = cumsum(as.numeric(chromMax)),
labels = levels(alignments$refID),expand = c(0, 0))dotPlotly－Minimap2比對paf文件比對可視化
最近進(jìn)行基因組共線性分析，基因組比較大，利用nucmer比對報(bào)內(nèi)存，改用minimap2進(jìn)行比對分析，進(jìn)行可視化發(fā)現(xiàn)dotPlotly[https://github.com/...
RNA-seq練習(xí) 第三部分（DEseq2篩選差異表達(dá)基因,可視化）DEseq2篩選差異表達(dá)基因并注釋(bioMart) DESeq2對于輸入數(shù)據(jù)的要求1.DEseq2要求輸入數(shù)據(jù)是由整數(shù)組成的矩陣。2.DESeq2要求矩陣是沒有標(biāo)準(zhǔn)化的。D...
dotPlotly－Minimap2比對paf文件比對可視化最近進(jìn)行基因組共線性分析，基因組比較大，利用nucmer比對報(bào)內(nèi)存，改用minimap2進(jìn)行比對分析，進(jìn)行可視化發(fā)現(xiàn)dotPlotly[https://github.com/...
python-gffutils 修改gff3文件基因名稱gff3格式 基因結(jié)構(gòu)注釋文件一般為gff3的格式，一共是9列，依次為基因組序列id，注釋來源，類型，起始位置，終止位置，得分，正負(fù)鏈，相位，屬性。基因結(jié)構(gòu)注釋文件中，基因包...
MNIST數(shù)據(jù)集介紹及讀取2019.2.23 星期六 多云 biolearn MNIST數(shù)據(jù)集是機(jī)器學(xué)習(xí)領(lǐng)域中非常經(jīng)典的一個(gè)數(shù)據(jù)集，由60000個(gè)訓(xùn)練樣本和10000個(gè)測試樣本組成，每個(gè)樣本都是一...
線性回歸原理以及Python實(shí)現(xiàn)2018.12.9 星期天 陰 biolearn在統(tǒng)計(jì)學(xué)中，線性回歸是利用線性回歸方程對一個(gè)或多個(gè)自變量和因變量之間的關(guān)系進(jìn)行建模的一種回歸分析方法，只有一個(gè)自變量的...
奇異值分解原理及Python實(shí)例2018.11.28 星期三 晴 biolearn 奇異值分解 SVD（Singular Value Decomposition）是一種重要的矩陣分解方法，可以看做是特...
使用cd-hit對蛋白質(zhì)或核酸序列進(jìn)行聚類2018.9.7 星期四 多云 biolearn cd-hit 是用于蛋白質(zhì)序列或核酸序列聚類的工具，根據(jù)序列的相似度對序列進(jìn)行聚類以去除冗余的序列，一般用于構(gòu)建非冗余...
使用Henikoff框架對序列進(jìn)行權(quán)重的原理和計(jì)算方法2018.7.28 星期六 晴 biolearn 通過blast、hhblits或者其他方式構(gòu)建的多序列比對（MSA）都存在大量的冗余，這些冗余的序列導(dǎo)致多序列比對的多...
R語言—ggplot2畫圖如何使用分面原創(chuàng) 2018.6.2 星期六 晴 biolearn 兩種方法：使用 facet_grid() 或 facet_wrap() 函數(shù) 1. facet_...
R語言—ggplot2畫圖如何截?cái)?y 軸原創(chuàng) 2018.5.31 星期四 小雨 biolearn 如何利用 R 實(shí)現(xiàn)從 A 圖到 B 圖？ 只需要三步，畫下面一半，畫上面一半，拼起來即可 1. 畫下面一半...
使用rsync下載PDB數(shù)據(jù)庫2018.5.28 星期一 多云 biolearn 從PDB數(shù)據(jù)庫下載復(fù)合物的結(jié)構(gòu)有兩種方式，一是直接通過網(wǎng)頁檢索下載，二是使用rsync從PDB ftp端下載。 下載指...