官方文檔https://lightgbm.readthedocs.io/en/latest/index.html（微軟開源） 參考文檔：機器學(xué)習(xí)算法之LightGBMhttp...
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LightGBM算法 & XGBoost算法對比分析
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單一驗證、k折交叉驗證（特例：留一法（LOOCV））、交叉驗證確定最優(yōu)超參數(shù)一、單一驗證 1、單一訓(xùn)練集和測試集 最簡單的樣本集劃分就是只有訓(xùn)練集和測試集，而沒有驗證集，因此無法利用驗證集反過來對模型參數(shù)進行調(diào)整。只能先給定一組超參數(shù)C，然后訓(xùn)練得到...
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ggplot2的主題設(shè)置
ggplot2畫圖的時候有幾個默認主題，畫圖的時候我們可以自己挑選一個喜歡的內(nèi)置主題，也可以自己設(shè)置。其中內(nèi)置主題有以下幾個，我們用iris數(shù)據(jù)集看一下效果： theme_b...
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細胞通訊-iTALK使用方法作者：ahworld鏈接：細胞通訊-iTALK使用方法來源：微信公眾號-seqyuan著作權(quán)歸作者所有，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者。 什么是細胞通訊？ 多細胞生物由不同類型的...
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teprof2轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)鑒定轉(zhuǎn)座子融合嵌合轉(zhuǎn)錄本參考資料 轉(zhuǎn)座因子（TE）是豐富的遺傳學(xué)資源，其中包含著大量的調(diào)控序列。在TE內(nèi)部存在著潛在的隱性調(diào)控元件，在生理和病理中這些元件可以被表觀遺傳學(xué)機制重新激活，從而影響疾病的...
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用R畫Circular barplot圖（環(huán)狀柱形圖）參考文章：可視化之circular barplot 之前利用WGCNA分析得到了一組感興趣的基因（WGCNA學(xué)習(xí)筆記），然后又用cytoscape軟件得到一個表，里面有每一個...
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【Cytoscape網(wǎng)絡(luò)圖繪制】摸索入門篇這個軟件就是為了繪制網(wǎng)絡(luò)關(guān)系圖，圈圖等等酷炫的圖片，例如這樣： Cytoscape官網(wǎng) 一、配置環(huán)境和安裝 安裝Java 11 Java 11下載地址 無腦點擊安裝，我這里手...
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scRNA-Seq | 單細胞功能注釋和富集分析(GO、KEGG、GSEA)一、多個亞群各自marker基因聯(lián)合進行GO以及KEGG分析 在前面幾節(jié)我們已經(jīng)知道各個細胞亞群的 marker 基因，接下來我們對這些marker基因進行功能注釋和富集分析...
