文章目錄 一、分子指紋計(jì)算二、相似性搜索三、自定義搜索函數(shù) 一、分子指紋計(jì)算 本文介紹在windows環(huán)境下,使用rdkit函數(shù)在postgresql數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行相似性搜索。...
文章目錄 一、分子指紋計(jì)算二、相似性搜索三、自定義搜索函數(shù) 一、分子指紋計(jì)算 本文介紹在windows環(huán)境下,使用rdkit函數(shù)在postgresql數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行相似性搜索。...
文章目錄一、環(huán)境搭建二、數(shù)據(jù)表準(zhǔn)備三、結(jié)構(gòu)搜索與查詢 1.smiles子結(jié)構(gòu)搜索 2.smarts子結(jié)構(gòu)搜索 3.立體信息的結(jié)構(gòu)搜索 4.帶取代基的結(jié)構(gòu)搜索 一、環(huán)境搭建 本...
一、環(huán)境配置1.windows下的安裝與初始化2.用戶設(shè)置與服務(wù)啟動 二、操作使用1.cmd操作2.python操作 一、環(huán)境配置 PostgreSQL是一個開源、可擴(kuò)展的關(guān)...
文章目錄 一、初級篇 氫原子顯示與隱藏 芳香鍵與kekule式轉(zhuǎn)換 二、高級篇 Atom和Bond對象的編輯功能 RWMol類的編輯功能 一、初級篇 1.氫原子顯示與隱藏 正...
分子基礎(chǔ)操作與藥效團(tuán)查找 文章目錄 1.原子操作 2.鍵操作 3.環(huán)操作 4.手動實(shí)現(xiàn)氧族藥效團(tuán)查找 1.原子操作 在rdkit中,分子中的每一個原子都是對象,可以通過原子對...
文章目錄 1.Recap拆解 2.BRICS拆解 3.BRICS合成 Recap和BRICS對分子拆解與合成 1.Recap拆解 另一個與化學(xué)反應(yīng)相關(guān)的功能是Recap,Re...
文章目錄 1.rxn文件創(chuàng)建反應(yīng) 2.保護(hù)目標(biāo)原子 在化學(xué)反應(yīng)中保護(hù)原子 本文是化學(xué)反應(yīng)的進(jìn)階操作,關(guān)于使用rdkit進(jìn)行化學(xué)反應(yīng)的操作可以參考這篇文章。有時在使用rxn文件...
化學(xué)反應(yīng)1.SMARTS創(chuàng)建反應(yīng)2.rxn文件創(chuàng)建反應(yīng)3.產(chǎn)物后處理 化學(xué)反應(yīng) Rdkit中提供了基于SMARTS的化學(xué)反應(yīng)操作,可以通過SMARTS或rxn反應(yīng)文件構(gòu)建反應(yīng)...
一、骨架分解1.Murcko Scaffold2.Generic Framework 二、側(cè)鏈分離1.rdRGroupDecomposition2.ReplaceCore 一...
一、分子片段生成 二、片段指紋生成 三、指紋重要性分析 一、分子片段生成 分子片段(Molecular Fragments)是一組相連的原子,并可能包含有相關(guān)官能團(tuán)。在rdk...
一、化學(xué)特征和藥效團(tuán)提取 二、化學(xué)特征文件介紹1.化學(xué)特征(chemical features)2.FDef文件語法 三、2D藥效團(tuán)指紋1.編碼原理2.參數(shù)設(shè)置3.生成2D藥...
一、描述符計(jì)算模塊1.rdkit.Chem.Lipinski模塊2.rdkit.Chem.Descriptors模塊3.rdkit.ML.Descriptors.Molecu...
一、分子指紋提取1.Topological Fingerprints2.MACCS3.Atom Pairs and Topological Torsions4.Morgan ...
最大公共子結(jié)構(gòu) 1.搜索方法 2.bondCompare參數(shù) 3.atomCompare參數(shù) 4.maximizeBonds參數(shù) 5.matchValences參數(shù) 6.ri...
目錄 一、摩根分子指紋計(jì)算1.簡介2.SparseIntVects3.ExplicitBitVects44.FCFPs5.更多泛化 二、摩根分子指紋提取1.提取方法一2.提取...
分子子結(jié)構(gòu)操作1.刪除子結(jié)構(gòu)2.替換子結(jié)構(gòu)3.切掉側(cè)鏈4.切掉母核 分子子結(jié)構(gòu)操作 RDKit包含了一些修改分子的函數(shù),這些函數(shù)可以方便地對分子進(jìn)行子結(jié)構(gòu)刪除/替換等操作。更...
一、SMARTS簡介 是什么SMARTS(SMiles ARbitrary Target Specification)是一種用于描述分子模式和屬性的語言。SMILES所有的符...
目錄 一、簡單子結(jié)構(gòu)搜索1.初始化2.獲取所有匹配的結(jié)構(gòu)3.查看匹配的結(jié)構(gòu) 二、帶條件的子結(jié)構(gòu)搜索1.定義條件2.對側(cè)鏈設(shè)置條件3.使用條件進(jìn)行篩選4.其他條件舉例 一、簡單...
目錄 一、單個子結(jié)構(gòu)搜索與展示1.判斷是否包含子結(jié)構(gòu)2.搜索并返回子結(jié)構(gòu)3.獲取匹配的原子和索引4.繪制子結(jié)構(gòu) 二、多個子結(jié)構(gòu)搜索與展示1.搜索并返回所有子結(jié)構(gòu)2.獲取匹配的...