本文是百邁客GWAS生物信息培訓(xùn)課程學(xué)習(xí)筆記第二篇，第一篇請(qǐng)參考GWAS基本分析內(nèi)容 這里首先介紹了GWAS分析中常用的統(tǒng)計(jì)學(xué)概念： 1. 假設(shè)檢驗(yàn) 零假設(shè)(H0,null ...
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常用GWAS統(tǒng)計(jì)方法和模型簡(jiǎn)介 -
TiED:人類組織特異性增強(qiáng)子數(shù)據(jù)庫
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊(cè)”! TiED是一個(gè)人類增強(qiáng)子數(shù)據(jù)庫，對(duì)10種不同組織中的增強(qiáng)子表進(jìn)行定量和分析，鑒定了增強(qiáng)子的組織特異性，網(wǎng)址如下 http://lcbb.swjtu...
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Juicer:Hi-C數(shù)據(jù)處理分析（一）參考： [1]. Durand, N.C., et al., Juicer Provides a One-Click System for Analyzing Loop...
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R小tip（六）ggplot2拼圖這次我們簡(jiǎn)單介紹先ggplot2的拼圖方法，推薦patchwork這個(gè)包，語法簡(jiǎn)單，好用，接下來我們通過個(gè)例子來向大家講述： 其中加是橫著拼圖那么豎著拼圖用除號(hào) 其中 （ |...
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聚類分析（Cluster Analysis）（一）什么是聚類 聚類，將相似的事物聚集在一起，將不相似的事物劃分到不同的類別的過程。是將復(fù)雜數(shù)據(jù)簡(jiǎn)化為少數(shù)類別的一種手段。 （二）聚類的基本思想： 有大量的樣本。 假定研究...
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基因組注釋文件(GFF,GTF)下載的四種方法
NCBI Ncbi 里包含現(xiàn)在最全的參考基因組數(shù)據(jù)，可以進(jìn)入FTP站點(diǎn)查看：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ 這里的文件夾名為物種的拉丁...
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ChIP-Seq數(shù)據(jù)挖掘系列-2: Motif 分析(2) - HOMER Motif 分析基本步驟在基因組調(diào)控元件分析中，HOMER 可以用于發(fā)現(xiàn)新的motif。HOMER 通過比較兩個(gè)序列集，再使用ZOOPS scoring (zero or one occurrenc...
