問題1：使用snippy用于fasta序列的文件SNP calling。發(fā)現(xiàn)結(jié)果中core.full.aln中，有開頭100bp和結(jié)尾的100bp被標記為NN >JN5803...
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[snippy]使用時遇到的問題和困惑
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隨筆 | 學(xué)會「獨處」
剛與一師兄聊了幾句，大體關(guān)于說話做事。說得直白點，或許就是「學(xué)會隱藏自己的想法」。這大半年過去，我不時也會與朋友聊到相關(guān)話題。世事無常，大多人與物并不以我們意志為轉(zhuǎn)移。事實上...
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mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemRNA-seq上中游分析需要用到Linux系統(tǒng)的terminal！ 盡管TCGA數(shù)據(jù)庫中已經(jīng)提供了大量的處理好的表達矩陣數(shù)據(jù)，但是無論是自身實驗需要，還是從NCBI的GEO...
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qPCR | 熒光定量？批量設(shè)計引物，一鍵搞定！寫在前面 Emmm，轉(zhuǎn)錄組篩了十來個基因，想著擴大材料看看表達模式是否與數(shù)據(jù)體現(xiàn)相符，于是需要設(shè)計一下qPCR引物。當然，自然是有一些軟件可以使用，但用起來不太方便。至少問了...
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Resfinder一鍵安裝以及問題解決
準備工作1.安裝好conda以及mamba2.建立一個環(huán)境，命名為resfinderconda create -n resfinder激活環(huán)境source activate ...
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win11下Ubuntu子系統(tǒng)遷移D盤歷程以及遇到的問題由于C盤快爆滿，將子系統(tǒng)遷移至D盤。直接用系統(tǒng)自帶的命令進行遷移。右鍵開始圖標，打開Powershell。 輸入以下命令： 顯示你當前安裝的子系統(tǒng)，我只有一個"Ubuntu"...
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使用clusterprofiler中的enrichr對非模式植物進行KEGG分析一、需要的數(shù)據(jù) （1）eggnog對基因的注釋(名字例如叫:egg.tsv) TSV格式 （2）ko00001.json文件 下載地址：https://www.genome....
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插件 | 給一堆「doi」，出一堆「論文.pdf」寫在前面 最近給研究生師弟師妹講一門名為「園藝植物生物信息學(xué)實踐」的選修課... 計劃10~30人，估摸系統(tǒng)出了問題，最終選了 44 人。盡管我盡可能勸退，但仍然有 68+ ...
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E. coli ST1193比較基因組文章 標題：Phylogenetic Analysis Reveals Distinct Evolutionary Trajectories of the Fluoroqui...
