deepTools 是一套基于python開發(fā)的工具，適用于有效處理分析高通量測(cè)序數(shù)據(jù)，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。 #1. deepT...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
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deepTools 使用指南 -
ATAC-seq專題---生信分析流程ATAC-seq信息分析流程主要分為以下幾個(gè)部分：數(shù)據(jù)質(zhì)控、序列比對(duì)、峰檢測(cè)、motif分析、峰注釋、富集分析，下面將對(duì)各部分內(nèi)容進(jìn)行展開講解。 一、測(cè)序數(shù)據(jù)過(guò)濾與質(zhì)量評(píng)估 ...
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用pheatmap畫熱圖
假裝是前言 學(xué)了很久的R，一直也沒(méi)啥進(jìn)展，之前一直覺(jué)得R不是很容易的東西嗎，復(fù)制粘貼代碼就好了。。emmm，太年輕太年輕。。 我用R的日常就是畫熱圖，各種各樣的熱圖。所以網(wǎng)上...
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RNA-seq數(shù)據(jù)分析---方法學(xué)文章的實(shí)戰(zhàn)練習(xí)前言 這次給大家?guī)?lái)的是16年發(fā)表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇處理RNA-seq數(shù)據(jù)的文章：Transcript-level expression analy...
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嫁衣上紅花藏
今年是我和她相識(shí)的第十年，相戀的第七年，結(jié)婚，的第三年。十年前，執(zhí)我一半去尋另一半。七年前，我不知道她將以怎樣的形式豐饒我的心田。三年前，我以為已經(jīng)接納了她的咸咸甜甜?？墒牵?..
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10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組亞群細(xì)分策略10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組 10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析的核心就是聚類，但是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析的聚類到目前為止還存在很多困難和挑戰(zhàn)，具體可以參考文獻(xiàn)Chall...
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scRNA-seq擬時(shí)分析 || Monocle2 踩坑教程擬時(shí)（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過(guò)擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過(guò)程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過(guò)程，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
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R包SCENIC:安裝
SCENIC:Single Cell rEgulatory Network Inference and Clustering 目前支持分析的物種：人、鼠、果蠅 input的要...
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Markdown基本語(yǔ)法Markdown是一種純文本格式的標(biāo)記語(yǔ)言。通過(guò)簡(jiǎn)單的標(biāo)記語(yǔ)法，它可以使普通文本內(nèi)容具有一定的格式。 相比WYSIWYG編輯器 優(yōu)點(diǎn)：1、因?yàn)槭羌兾谋?，所以只要支持Markd...
