使用軟件SMRTlink 9轉(zhuǎn)換。 PacBio官網(wǎng)下載SMRTlink 9， https://downloads.pacbcloud.com/public/software...
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pacbio 的bam文件轉(zhuǎn)成fasta文件
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MEME Motif分析的并行運算
MEME 安裝 我的一些基本環(huán)境 CentOS 7.8 Bash 4.2.46 gcc 9.1.0 并行依賴 / MPICH安裝 若需要并行計算的話，在安裝MEME之前，需要...
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「生信」共線性分析——MCScanX目錄MCScanX下載及安裝數(shù)據(jù)準備MCScanX運行及結(jié)果Ka & Ks 計算下游畫圖腳本最后 MCScanX有兩個主要的功能, 一是, 方便使用者發(fā)現(xiàn)共線性(collin...
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16s—β多樣性分析（R畫三維PCoA圖）一、β多樣性分析的概念 Beta多樣性指的是樣本間多樣性。在腸道菌群分析中，Beta多樣性是衡量個體間微生物組成相似性的一個指標。通過計算樣本間距離可以獲得β多樣性計算矩陣，...
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GO/KEGG富集分析及R包繪圖（氣泡圖/條形圖）導讀 利用富集分析，我們可以把很多看著雜亂的差異基因總結(jié)出一個比較整體反應事件發(fā)生的概述性的句子。 例如：TP53信號通路和胃癌的發(fā)生有關(guān)。而不是說BAX、BID、ABL1、...
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主成分分析（PCA）& 主坐標分析（PCoA）——R包繪圖（2D/3D散點圖）導讀 主成分分析(Principal Components Analysis，PCA)，也稱主分量分析或主成分回歸分析法，是一種無監(jiān)督的數(shù)據(jù)降維方法。PCA通過線性變換將原始...
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群體遺傳學統(tǒng)計指標——群體間分歧度檢驗（Fst）基本概念 Fst：群體間遺傳分化指數(shù)，是種群分化和遺傳距離的一種衡量方法，分化指數(shù)越大，差異越大。適用于亞群體間多樣性的比較。用于衡量種群分化程度，取值從0到1，為0則認為兩...
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單體型網(wǎng)絡的構(gòu)建——Haplotype Network基本概念 單體型：又稱單倍體型或單元型，是個體組織中，完全遺傳自父母雙方中某一親本的一組等位基因。擁有特定SNP的個體常常在附近某一特定變異位點擁有特定等位基因，這種關(guān)系叫做...
