http://m.itdecent.cn/p/19241ae1b77a[http://m.itdecent.cn/p/19241ae1b77a] 一、參考文檔 h...
發(fā)簡信
IP屬地：香港
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生信常用數(shù)據(jù)庫（一）：interproscan數(shù)據(jù)庫搭建
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利用snpEff對snp vcf 信息進(jìn)行注釋
利用snpEff軟件可以對獲得的snp信息進(jìn)行注釋，以確定該snp對于基因編碼信息的影響：同義替換、非同義替換、非編碼區(qū)等等 首先查看snpeff.config 文件中有無自...
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Conda 以及 Snakemake 安裝及使用防止自己下次忘了，作為筆記使用，整理自網(wǎng)絡(luò)。參考自Snakemake：簡單好用的生信流程搭建工具 | | 百邁客生物 (biomarker.com.cn)[http://ww...
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featureCounts 統(tǒng)計(jì)BAM文件中每個基因匹配的reads數(shù)
Subread package: high-performance read alignment, quantification and mutation discovery...
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根據(jù)Eggnog注釋信息構(gòu)建orgDb數(shù)據(jù)庫并進(jìn)行GO、KEGG分析
本文大部分內(nèi)容來源于網(wǎng)絡(luò)，寫此文章僅是為了自己后面查找方便，如有侵權(quán)，聯(lián)系刪除。參考來自于：自己構(gòu)建物種包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析 - 簡書 ...
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DESeq2+clusterProfiler使用流程（以玉米B73_v3數(shù)據(jù)為例）
DESeq2+clusterProfiler使用 讀取featureCounts的reads統(tǒng)計(jì)結(jié)果，存儲與countData矩陣中 設(shè)置樣品信息列表 計(jì)算不同樣品間的重復(fù)一...
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GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
我梳理了GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析的整個流程，并提供了基本的命令，用到的軟件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture、Tassel等，在此分享出來...
