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R語言繪制組間比較散點圖并自動添加P值信息
查詢ggprism包使用時候發(fā)現(xiàn)官網(wǎng)給出的一示例圖比較常用，這里記錄學(xué)習(xí)一下。 加載R包準備數(shù)據(jù) 注意兩個細節(jié)： tools::toTitleC...
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利用abbrevr包批量輸出期刊縮寫有時候用endnote導(dǎo)入文獻后顯示的是期刊全稱，而用到縮寫時候就需要去一些網(wǎng)站上一個個搜索，比如CASSI[https://cassi.cas...
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利用massdatabase包提取物種KEGG通路與基因/化合物對應(yīng)信息
最近手頭處理一批代謝組數(shù)據(jù), 想基于幾十個關(guān)鍵差異代謝物代謝物進行下KEGG富集，能想到有兩種方式解決，一種常用方式就是基于MetaboAnal...
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基于GO-Figure快速繪制GO富集氣泡圖
GO-Figure! 是一個基于pyhton寫的GO富集小軟件，方便我們拿到富集結(jié)果后直接使用命令行的形式進行可視化，繪制出具有靈活性、可重復(fù)性...
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一個輕量級繪制熱圖的R包-HeatmapR
目前R中繪制熱圖的方式有很多，常用的如pheatmap、ComplexHeatmap包等，這里再給大家介紹一個輕量級的R包-HeatmapR包，...
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分級KEGG富集pathway圖繪制最近在基迪奧平臺上看到了這張KEGG富集信息圖，剛好手頭有批現(xiàn)成的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，剛好繪制一下給富集圖換換風(fēng)格~~image.png 準備輸入文件 ...
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學(xué)會這三個包，搞定R中的正則天下苦正則久矣，尤其當字符串中有自己想要的一段數(shù)據(jù)時候苦苦提取不出來的感覺真是難受，今天給大家介紹3個R包來解決這種正則帶來煩惱的包，希望對大家...
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SFINX: 一個基于Shiny部署的鑒定蛋白互作關(guān)系平臺
目前研究蛋白質(zhì)互作方法有很多，傳統(tǒng)的方法是將天然蛋白免疫沉淀與質(zhì)譜檢測結(jié)合(CoIP-MS)，另外流行的還有親和純化/質(zhì)譜法(AP-MS)，與C...
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Robust火山圖：一種含離群值的代謝組數(shù)據(jù)差異分析方法
代謝組學(xué)中差異代謝物的識別仍然是一個巨大的挑戰(zhàn)，并在代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析中發(fā)揮著突出的作用。由于分析、實驗和生物的模糊性，代謝組學(xué)數(shù)據(jù)集經(jīng)常包含異常...