本篇簡單介紹3D基因組在近期主流的兩個(gè)獲得數(shù)據(jù)的手段：Hi-C及ATAC-seq。 首先需要理清幾個(gè)概念： 1. 染色體疆域（Territory）：指每條染色體都占據(jù)著一個(gè)獨(dú)...
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#3D基因組 #表觀遺傳 -
經(jīng)典表觀遺傳現(xiàn)象
位置花斑效應(yīng)PEV 某些細(xì)胞由于染色體倒位或轉(zhuǎn)座，導(dǎo)致有些基因移至異染色質(zhì)附近，導(dǎo)致基因沉默 eg.果蠅存在紅白相間的復(fù)眼；源于同一代酵母傳代后會(huì)有紅白相間的菌落 機(jī)制 >w...
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真核原核生物常用的啟動(dòng)子分類
寫在前面最近踩了一個(gè)啟動(dòng)子的大坑，一氣之下就把常規(guī)的所有啟動(dòng)子都做了個(gè)總結(jié)，希望自己往后不會(huì)犯這種錯(cuò)誤，并且對其他同學(xué)也有個(gè)提示和科普作用。另外的這次經(jīng)驗(yàn)教訓(xùn)也讓我學(xué)到，盲目...
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什么樣的組織適合做空間轉(zhuǎn)錄組？空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)在復(fù)雜的生理、病理?xiàng)l件（直接切片還是有設(shè)計(jì)地切片？）下研究不同位置區(qū)域細(xì)胞的異質(zhì)性，特別是針對腫瘤和干細(xì)胞生物學(xué)，發(fā)掘具有獨(dú)特分子特征的細(xì)胞群落，研究其對信號...
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《Tutorial: guidelines for the computational analysis of single-cell RNA sequencing data》單細(xì)胞流程這篇文獻(xiàn)是今年12月份發(fā)的，也就是一個(gè)星期前，是劉小樂教授推薦閱讀的 推特地址： 本篇文章講解了單細(xì)胞RNA-seq的一般分析流程，當(dāng)然文中還推薦了分析的課程：單細(xì)胞課程[h...
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單細(xì)胞分析文獻(xiàn)分享《Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor》《Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor》[https://www.nature.com/articles/...
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網(wǎng)頁數(shù)據(jù)抓取工具，webscraper 最簡單的數(shù)據(jù)抓取教程，人人都用得上Web Scraper 是一款免費(fèi)的，適用于普通用戶（不需要專業(yè) IT 技術(shù)的）的爬蟲工具，可以方便的通過鼠標(biāo)和簡單配置獲取你所想要數(shù)據(jù)。例如知乎回答列表、微博熱門、微博評論...
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cellranger實(shí)戰(zhàn)2：非正常數(shù)據(jù)之僅有bam文件我所理解的cellranger軟件理想原始輸入數(shù)據(jù)就是SRA格式，然后利用sra-tools分為read、barcode+UMI、index三個(gè)fastq.gz文件。最后直接...
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一種實(shí)用的研究分子間體內(nèi)互作實(shí)驗(yàn)方法-ChIRP
CHIRP(ChromatinIsolation by RNAPurification)是一種檢測與RNA綁定的DNA和蛋白相互作用的方法，可同時(shí)分析lncRNA/circR...
