Step1：鏈特異性比對(duì)并組裝轉(zhuǎn)錄本 用HISAT2對(duì)每個(gè)樣本進(jìn)行鏈特異性比對(duì)，隨后利用StringTie對(duì)每個(gè)樣本的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行單獨(dú)組裝 Step2：過(guò)濾lncRNA 將所有...
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## lncRNA分析完全指北
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六、GEO差異基因功能注釋之KEGG和GO一、ENTREZID轉(zhuǎn)換 進(jìn)行功能注釋?zhuān)紫刃枰獙?duì)差異基因deg數(shù)據(jù)集進(jìn)行ENTREZID轉(zhuǎn)換 二、輸入數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 接下來(lái)拿出up基因和down基因的ENTREZID，組成di...
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生信小白教程之Count轉(zhuǎn)TPM，F(xiàn)PKM相信很多科研工作者（不包括比我厲害的大佬們）在做轉(zhuǎn)錄組時(shí)，都是在公司做測(cè)序，然后數(shù)據(jù)也交給公司分析，又然后，期待做個(gè)差異分析，得出像下圖那么完美的熱圖。 然而，然而，，我們得...
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轉(zhuǎn)錄組分析5——差異表達(dá)分析差異表達(dá)分析內(nèi)容：? 基因表達(dá)量的標(biāo)準(zhǔn)化方法及可視化? counts，RPKM，F(xiàn)PKM，TPM? PCA圖、熱圖等? 差異表達(dá)分析及可視化? limma-voom，edge...
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R語(yǔ)言學(xué)習(xí)筆記之熱圖繪制TaoYan 簡(jiǎn)介 本文將繪制靜態(tài)與交互式熱圖，需要使用到以下R包和函數(shù)：heatmap():用于繪制簡(jiǎn)單熱圖的函數(shù)heatmap.2():繪制增強(qiáng)熱圖的函數(shù)d3heatma...
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基因ID轉(zhuǎn)換及富集分析 | org.Hs.eg.db clusterProfiler僅針對(duì)人類(lèi)而言。雖然一直對(duì)GO和KEGG不感冒，但流程化的分析還是要做的。主要包括兩部分： 將基因編號(hào)轉(zhuǎn)為ENTREZID(具有唯一性）：基因編號(hào)來(lái)自ANNOVAR的注釋結(jié)果...
個(gè)人介紹
在這還未如愿見(jiàn)著不朽的年紀(jì)里，不老去，也不厭倦。
個(gè)人微信公眾號(hào)：米厘集 ID：miliji2017
轉(zhuǎn)載務(wù)必聯(lián)系到本人哦～
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