GSEA縮寫 GSEA的全稱是Gene Set Enrichment Analysis，中文翻譯就是基因集富集分析，最早提出GSEA的文章是下面的這篇文獻： 基因集富集分析是...
發(fā)簡信
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生物信息學之 anconda / miniconda
之前在構(gòu)建生物信息學環(huán)境里面已經(jīng)介紹了這個區(qū)別，也可以參考這個知乎鏈接https://zhuanlan.zhihu.com/p/35711429，下面講的是一些常用命令。 安...
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GO，KEGG，DO 富集分析
what is Gene Ontology(GO) 基因“本體論” 對事物的分類描述，對基因的分類描述對基因的描述 1、cellular component,CC(基因存在于...
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生物信息學需要掌握的 Linux 基礎(chǔ)操作符號 / : 根目錄 （寫入絕對路徑）~ : 自己的home目錄. : 當前目錄.. : 上一層目錄 （寫入相對路徑） 查看命令 ls -l (ll) : 查看詳細文件ls ...
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RNAseq基礎(chǔ)（項目設(shè)計，方法原理）一、項目設(shè)計 測多少數(shù)據(jù)量？ 幾個生物學重復(fù)？ 混池測序是否性價比很高？ 參考序列怎么選？ 二、分析方法 轉(zhuǎn)錄本拼接 比對的兩種模式 表達定量 FPKM，RPKM，TPM，T...
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GWAS 總體流程理解版
自己找了一些文章和視頻，先總結(jié)了一部分，后面再做補充和實操 一. 相關(guān)概念理解 （1）GWAS： 全稱“全基因組關(guān)聯(lián)分析”，使用統(tǒng)計模型找到與性狀關(guān)聯(lián)的位點，用于分子標記選擇...
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「三代組裝」Pacbio組裝后如何用自身數(shù)據(jù)進行polish（更新版）
之前那我由于需要對PacBio的組裝結(jié)果進行polish，于是寫了「三代組裝」Pacbio組裝后如何用自身數(shù)據(jù)進行polish。最近發(fā)現(xiàn)自己又有了需求，于是重新回顧了我之前寫...
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GWAS生物學相關(guān)名詞解釋
背景基因 與所研究的表現(xiàn)型直接有關(guān)的基因以外的全部基因的總稱 LD : 當位于某一座位的特定等位基因與另一座位的某一等位基因同時出現(xiàn)的概率大于群體中因隨機分布的兩個等位基因同...
