發(fā)簡信
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【五年磨一劍】純代碼復現(xiàn)nature/cell大型網(wǎng)絡圖并標注模塊基因起源于五年前的一篇cell,又被喚醒于2024年的一篇nature medicine。兩篇文章這個圖都是關于WGCNA后續(xù)結果的展示，勝在這個網(wǎng)...
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【1:1復刻Cell】python版單細胞多組差異基因火山圖可視化函數(shù)我們之前在python中1:1復刻R版火山圖之后（【1:1復刻R版】python版火山圖函數(shù)一鍵出圖），群里小伙伴希望使用python復刻之前c...
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【視頻教程】cNMF（Consensus NMF）：基于python的單細胞轉錄組數(shù)據(jù)非負矩陣分解分析R版本的NMF分析中，我們介紹了相關概念，可查看（（視頻教程）NMF: 單細胞非負矩陣分解R語言版-數(shù)據(jù)降維及MetaProgram分析）。但是...
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你有這么大的樣本嗎？---學習張澤民院士Cell文章分析思路之單細胞豐度NMF分析2025-08-10起源是我們微信群里的小伙伴發(fā)了一張熱圖，需要讓我復現(xiàn)，是一篇Cancer cell的文章，因為我們寫過很多熱圖，所以對這個圖無感，原因是看似復雜...
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Circular Plot系列(六)：【視頻教程】復現(xiàn)SCI圖表之環(huán)形圖展示分組celltype基因表達circle plot精彩系列： Circular Plot系列(一): 環(huán)形熱圖繪制Circular Plot系列(二): 學習nature子...
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玩轉單細胞(21)：復現(xiàn)Nature圖表---單細胞亞群無監(jiān)督層次聚類分析及環(huán)形樹狀圖繪制玩轉單細胞往期精彩系列： 玩轉單細胞(1)---提取特定基因表達的細胞群分析（一個小問題）[http://mp.weixin.qq.com/s...
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【視頻-python一鍵函數(shù)】：熱圖標注特定基因及不同顏色設置展示marker基因雖然scanpy有展示marker基因的熱圖函數(shù)（scanpy單細胞轉錄組python教程（五）：最詳盡的基礎可視化解析），但是有很明顯的缺陷，...
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milo-基于KNN的差異豐度分析（python版miloR）之前我們推出過單細胞差異豐度分析的R包miloR（miloR：單細胞差異豐度分析）。這個方法也有python版的實現(xiàn)，github官網(wǎng): htt...