發(fā)簡信
IP屬地：貴州
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T細胞培養(yǎng)基選擇博士課題換到了腫瘤免疫相關(guān)方向，涉及到T細胞培養(yǎng)的問題，簡單查了下發(fā)現(xiàn)用的培養(yǎng)基五花八門，用實驗室級別的也有工業(yè)GMP生產(chǎn)用的培養(yǎng)基，一時不知如...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組之使用CellChat 對多個數(shù)據(jù)集細胞通訊進行比較分析1. 數(shù)據(jù)的準備 2.預(yù)測細胞通信 在比較多種生物條件下的細胞-細胞通信時，可以得知細胞通信是否增強；細胞類型顯著變化之間的相互作用；不同條件下...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組之使用CellChat對單個數(shù)據(jù)集進行細胞間通訊分析1.CellChat對象的創(chuàng)建、處理及初始化[#1cellchat%E5%AF%B9%E8%B1%A1%E7%9A%84%E5%88%9B%E5...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組之轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析課程筆記施工中。。。。。 1.SCENIC簡介 目前單細胞轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域用的比較多的細胞聚類方法大多是直接從基因表達矩陣推斷，但是對于多樣本合并分析...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組之擬時序分析1.數(shù)據(jù)的準備 1.1選擇想要進行時間軌跡分析的seurat亞群,，并將亞群提取出來 1.2 創(chuàng)建CellDataSet對象及monocle標準...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組之monocle標準流程及不同包間對象轉(zhuǎn)換1.利用已有的Seurat對象轉(zhuǎn)換為CellDataSet對象 加載之前seutat標準流程跑完的數(shù)據(jù)，如果沒有可以走一遍流程，教程點我[htt...
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基因集富集分析(GSEA)及其可視化1 什么是GSEA 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一種計算方法，用于確定事先定義的一...
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seurat單細胞數(shù)據(jù)處理小技巧1 亞群合并 當有幾類亞群同屬于某類細胞時，比如CD4+ T細胞和CD8+ T細胞均屬于T細胞，想要將他們合并在一起時，可以使用此代碼。 推薦使...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組之Seurat包全流程-數(shù)據(jù)過濾、降維分群及可視化1.Seurat包的安裝及數(shù)據(jù)的準備 1.1 加載需要的包和數(shù)據(jù) 1.2 創(chuàng)建Seurat對象 對于之前從CellRanger得到的比對結(jié)果，讀...