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基因家族分析（一）軟件的準(zhǔn)備
基因家族分析軟件安裝指南 在基因家族分析的世界里，軟件安裝是開啟探索之旅的第一步。準(zhǔn)備好迎接挑戰(zhàn)了嗎？讓我們一起開始吧！ 第一章：基因家族分析軟...
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GWAS-eQTL的共定位分析GWAS-eQTL的共定位分析，聽起來是不是很高大上。當(dāng)時自己也是不太清楚，還到處找教程，腳本什么的。但是都無果，好不容易找到一個，折騰了半天安...
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MatrixEQTL-----eQTL分析
好久沒有發(fā)簡書了，去學(xué)習(xí)新技術(shù)新知識去了，實在是沒有時間??！現(xiàn)在有點時間，記錄分享一下新知識~這段時間也是被這個eQTL搞得很頭疼，現(xiàn)在終于弄出...
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chopper---過濾和質(zhì)控你的測序reads
有些時候，我們得到的測序reads，長度超過了測序平臺的最長測序量或者說長度太短了不利于進(jìn)行后續(xù)的組裝，例如：HiFi測序一般在15kb~20k...
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hicPro+EndHiC(二)染色體掛載
EndHic 想比較HiC-Pro，EndHic的安裝就簡單很多，就是下載即可用 EndHiC的安裝 要用到的腳本都在文件夾下，直接調(diào)用就行 怎...
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怎么去進(jìn)行基因組的組裝有很多伙伴，都在進(jìn)行基因組的組裝，但是具體需要干什么，從什么地方開始，下一步又應(yīng)該做什么?并不是很了解。我用下面一份流程圖來簡單的說一下，整個基...
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hicPro+EndHiC(一)染色體掛載
使用hicPro+EndHiC兩個軟件，對我們組裝得到的contig數(shù)據(jù)進(jìn)行染色體的掛載，得到我們所需要的scaffold水平的基因組文件。首先...
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flye的使用（基因組組裝）
軟件介紹 Flye 是一種用于單分子測序讀數(shù)（如 PacBio 和牛津納米孔技術(shù)公司生產(chǎn)的讀數(shù)）的從頭組裝器。它適用于各種數(shù)據(jù)集，從小型細(xì)菌項目...
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HiCUP(Hi-C User Pipeline)軟件介紹 HiCUP是一個處理由Hi-C和捕獲Hi-C（Capture Hi-C，CHi-C）產(chǎn)生的測序數(shù)據(jù)的流程，用于對HiC數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控（Q...