兩年前有不少人在BIOENGINEERED這本期刊上發(fā)表過純生信，當(dāng)時(shí)這本期刊對(duì)純生信特別友好，每10篇純生信當(dāng)中，起碼會(huì)接收6到7篇，審稿速度也是比較快，被無數(shù)人稱為純生信...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：山東
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曾經(jīng)的純生信超級(jí)水刊，如今已經(jīng)高攀不起
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小麥ChIP-seq初步分析前言 最近一直在看小麥表觀遺傳相關(guān)的文獻(xiàn)，然后下載了文章中的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，分析的流程大致跟網(wǎng)上教程相似，但是由于小麥基因組比較大（16G），研究不像人類，小鼠及一些模式植物廣...
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python學(xué)習(xí)：同一GeneID對(duì)應(yīng)GO號(hào)排一行將GeneID與GO號(hào)一一對(duì)應(yīng)的兩列表格，轉(zhuǎn)換為同一GeneID對(duì)應(yīng)GO號(hào)排一行（如圖），主要使用字典、列表完成轉(zhuǎn)換。 代碼如下
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學(xué)習(xí)Linux的循環(huán): 批量blast
最常用的Linux循環(huán)應(yīng)該是for和while，記錄兩個(gè)直接輸入command的實(shí)例（輸出Ta開頭的所有文件名字）： 開始正片：使用同一個(gè)query批量blast文件夾下所有...
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洲更大佬您好，想請(qǐng)教macOS怎么將MACS2加到環(huán)境變量中？
我現(xiàn)在的情況是 macos（intel），zsh shell：已經(jīng)把Macs2的路徑加到.zshrc和bash_profile,在不同的conda env甚至退出conda后都可以調(diào)用Macs2（疑似已經(jīng)加到環(huán)境變量了）；但是在R里依然沒法直接調(diào)用，軟件也是做scATAC-seq的Socrates，它也沒法主動(dòng)查找mcs2的路徑，沒試過ArchR。使用ArchR分析單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第十章)
本文首發(fā)于我的個(gè)人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顧: 使用ArchR分析單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第一章) 使用ArchR分析單細(xì)胞ATAC-...
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@da545e457102 我用的R version 4.1.0 (2021-05-18) ; ChIPseeker v1.28.3，沒報(bào)錯(cuò)哦
ChIP-seq之ChIPseeker注釋peaks
100天生信-Day4 最近在做類ChIP-seq，看了一下使用ChIPseeker注釋peaks的方法，保存一下代碼： 參考教程：https://www.jieandze1...
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python學(xué)習(xí)：primer3-py批量設(shè)計(jì)引物
100天生信-Day11 最近一直在做濕實(shí)驗(yàn)，需要大量設(shè)計(jì)引物，發(fā)現(xiàn)primer3有python版本，可以批量設(shè)計(jì)，簡(jiǎn)直神器。 參考教程：https://mp.weixin....
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ChIP-seq之fastp質(zhì)控+過濾
100天生信-Day9 所有高通量測(cè)序的下機(jī)數(shù)據(jù)一般都要進(jìn)行質(zhì)控，檢測(cè)數(shù)據(jù)質(zhì)量，并去除低質(zhì)量reads。之前比較常用的是fastQC質(zhì)控 + cutadapt去接頭 + Tr...
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ChIP-seq之samtools簡(jiǎn)單命令
100天生信-Day7 ChIP-seq拉下來的reads經(jīng)過mapping生成.sam文件，sam文件使用samtools轉(zhuǎn)bam，再sort，，最終的bam文件再去跑MA...
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R數(shù)據(jù)處理之長寬數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換
100天生信-Day6 長數(shù)據(jù)和寬數(shù)據(jù)是滿足不同分析的兩種數(shù)據(jù)格式，可以很方便用R的reshape2包轉(zhuǎn)換，代碼如下： 參考教程：https://cloud.tencent....
