這個(gè)世界流行離開，但我們卻不擅長(zhǎng)告別
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：香港
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@初色 看起來(lái)是你有一個(gè)變量沒有內(nèi)容
如何構(gòu)建表達(dá)矩陣——RNAseq中游分析
中游分析這個(gè)詞是我杜撰的，用來(lái)強(qiáng)調(diào)表達(dá)矩陣構(gòu)建過(guò)程并不簡(jiǎn)單。 0 前言 前幾天Jimmy老師發(fā)了一篇 我用這個(gè)技能一杯咖啡的功夫就掙了800塊錢，講了他幫一個(gè)粉絲從公共數(shù)據(jù)庫(kù)...
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單細(xì)胞分析實(shí)錄(13): inferCNV結(jié)合UPhyloplot2分析腫瘤進(jìn)化
這一個(gè)分析，我目前只在Nature Communications上面看到過(guò)兩篇文章，都是2020年發(fā)表的。腫瘤進(jìn)化是單細(xì)胞里面做腫瘤內(nèi)部異質(zhì)性一個(gè)比較創(chuàng)新的角度，我參與的課題...
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在原有的UMAP上標(biāo)注RNA velocity
1.讀入RNA velocity的loom文件,并提取spliced文件和unspliced文件 2.提取原有的用seurat做的UMAP的圖。 3.將RNA velocit...
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單細(xì)胞譜系分化高級(jí)算法2021.02.14今天收集了三個(gè)與譜系分化有關(guān)的單細(xì)胞高級(jí)算法：MAGIC（2018 Cell），PHATE（2019 NBT），Palantir（2019 NBT）。它們...
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使用HINT-ATAC進(jìn)行ATAC-Seq的footprinting分析關(guān)于ATAC-seq分析，在網(wǎng)上看到兩篇關(guān)于同一片綜述的翻譯，寫的很好：ATAC-seq數(shù)據(jù)分析工具的比較和推薦（Genome Biology綜述）ATAC-seq生信分析綜...
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@請(qǐng)你吃糖_94e5 不客氣~
如何構(gòu)建表達(dá)矩陣——RNAseq中游分析
中游分析這個(gè)詞是我杜撰的，用來(lái)強(qiáng)調(diào)表達(dá)矩陣構(gòu)建過(guò)程并不簡(jiǎn)單。 0 前言 前幾天Jimmy老師發(fā)了一篇 我用這個(gè)技能一杯咖啡的功夫就掙了800塊錢，講了他幫一個(gè)粉絲從公共數(shù)據(jù)庫(kù)...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-18-scRNA包學(xué)習(xí)Monocle2劉小澤寫于19.9.2-第三單元第七講：使用scRNA包學(xué)習(xí)Monocle2筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在：h...
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Monocle2包學(xué)習(xí)筆記（三）：Constructing Single Cell Trajectories
image Monocle2使用反向圖嵌入（Reversed Graph Embedding）的機(jī)器學(xué)習(xí)算法，來(lái)對(duì)單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行單細(xì)胞發(fā)育軌跡推斷分析。Mono...
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GENIE3 || 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)推斷前情提要：AUCell：在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組中識(shí)別細(xì)胞對(duì)“基因集”的響應(yīng)[http://m.itdecent.cn/p/2fb20f44da67]RcisTarget || ...
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單細(xì)胞軌跡推斷分析（擬時(shí)間分析）dyno使用教程作者：yuanzan鏈接：dyno使用教程--1個(gè)R包實(shí)現(xiàn)59種單細(xì)胞軌跡推斷分析)來(lái)源：微信公眾號(hào)著作權(quán)歸作者所有，任何形式的轉(zhuǎn)載都請(qǐng)聯(lián)系作者。 在上一期的《單細(xì)胞軌跡分析...
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單細(xì)胞軌跡（擬時(shí)間）分析軟件方法選擇指導(dǎo)原則作者：seqyuan鏈接：?jiǎn)渭?xì)胞軌跡分析知多少--擬時(shí)間分析比較來(lái)源：微信公眾號(hào)著作權(quán)歸作者所有，任何形式的轉(zhuǎn)載都請(qǐng)聯(lián)系作者。 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、蛋白組、表觀組學(xué)等單細(xì)胞技術(shù)的發(fā)...
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scRNA-seq擬時(shí)分析 || Monocle2 踩坑教程擬時(shí)（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過(guò)擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過(guò)程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過(guò)程，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
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scRNA-seq數(shù)據(jù)分析 || Monocle3同系列文章： sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[http://m.itdecent.cn/p...
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@當(dāng)鴨遇到雞 嗯有道理呀
提問(wèn)|如何批量統(tǒng)計(jì)區(qū)間測(cè)序覆蓋度？
項(xiàng)目背景 對(duì)bam文件按多種自定義的劃窗來(lái)統(tǒng)計(jì)區(qū)間的測(cè)序覆蓋度。 我的需求 對(duì)于同一個(gè)bam文件，根據(jù)不同分割條件產(chǎn)生的多個(gè)bed文件，循環(huán)批量計(jì)算測(cè)序覆蓋度。 比如，輸入為...
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@當(dāng)鴨遇到雞 bedtools不能多線程，沒辦法啦
提問(wèn)|如何批量統(tǒng)計(jì)區(qū)間測(cè)序覆蓋度？
項(xiàng)目背景 對(duì)bam文件按多種自定義的劃窗來(lái)統(tǒng)計(jì)區(qū)間的測(cè)序覆蓋度。 我的需求 對(duì)于同一個(gè)bam文件，根據(jù)不同分割條件產(chǎn)生的多個(gè)bed文件，循環(huán)批量計(jì)算測(cè)序覆蓋度。 比如，輸入為...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負(fù)了努力
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