適用背景 之前寫了一篇文章介紹四步完成單細胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡流程分析[http://m.itdecent.cn/p/71ed43163ce1]，但生成的結(jié)果沒有進行可視化，...
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SCENIC/pySCENIC結(jié)果可視化 2022-11-08 -
安裝pySCENIC報錯安裝pySCENIC報錯：AttributeError: module 'numpy' has no attribute 'object'. 剛開始安裝pySCENIC的代碼...
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三種空間組學數(shù)據(jù)類型的讀取你是否為各種各樣的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)類型而眼花繚亂？你是否想要復現(xiàn)文章中的分析而倒在了數(shù)據(jù)讀入？你是否希望學習空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析卻又無從下手？今天，我們就和大家一起來學習多種類型...
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10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）基因調(diào)控網(wǎng)絡分析之Pandohello，又是新的一周，我們又要開始分享一些前言的內(nèi)容了，大家一定要與時俱進，不要裹足不前。 今天的內(nèi)容是分析單細胞或者空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的調(diào)控網(wǎng)絡分析,這個方法需要用到scR...
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10X單細胞空間聯(lián)合分析之cell2location的詳細梳理又是周五，馬上元旦，不知道大家打算怎么跨年呢？但是，今天還是工作日，我們還是要學習學習，不負韶華。 這一篇還是想詳細梳理一下cell2location，包括算法以及代碼的寫法...
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Seurat: 修改 active.ident
1. Seurat 自帶方法 Idents(Seurat_object) <- "Column_name_in_metadata" 2. 自己寫的方法
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單細胞分析實錄(12): 如何推斷腫瘤細胞
公眾號后臺回復20210418，獲取本文的測試數(shù)據(jù) 1. 回顧 前面我已經(jīng)講解了inferCNV的基本用法[http://m.itdecent.cn/p/c01f56b...
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Seurat包之導入單細胞數(shù)據(jù)方式匯總挖掘公共單細胞數(shù)據(jù)集時，會遇到常見各種單細胞測序數(shù)據(jù)格式。現(xiàn)總結(jié)如下，方便自己日后調(diào)用，以創(chuàng)建Seurat對象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
