適用背景 之前寫了一篇文章介紹四步完成單細胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡流程分析[http://m.itdecent.cn/p/71ed43163ce1],但生成的結(jié)果沒有進行可視化,...
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安裝pySCENIC報錯:AttributeError: module 'numpy' has no attribute 'object'. 剛開始安裝pySCENIC的代碼...
你是否為各種各樣的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)類型而眼花繚亂?你是否想要復現(xiàn)文章中的分析而倒在了數(shù)據(jù)讀入?你是否希望學習空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析卻又無從下手?今天,我們就和大家一起來學習多種類型...
hello,又是新的一周,我們又要開始分享一些前言的內(nèi)容了,大家一定要與時俱進,不要裹足不前。 今天的內(nèi)容是分析單細胞或者空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的調(diào)控網(wǎng)絡分析,這個方法需要用到scR...
又是周五,馬上元旦,不知道大家打算怎么跨年呢?但是,今天還是工作日,我們還是要學習學習,不負韶華。 這一篇還是想詳細梳理一下cell2location,包括算法以及代碼的寫法...
1. Seurat 自帶方法 Idents(Seurat_object) <- "Column_name_in_metadata" 2. 自己寫的方法
公眾號后臺回復20210418,獲取本文的測試數(shù)據(jù) 1. 回顧 前面我已經(jīng)講解了inferCNV的基本用法[http://m.itdecent.cn/p/c01f56b...
挖掘公共單細胞數(shù)據(jù)集時,會遇到常見各種單細胞測序數(shù)據(jù)格式。現(xiàn)總結(jié)如下,方便自己日后調(diào)用,以創(chuàng)建Seurat對象(1)barcodes.tsv.gz、features.tsv....