生物信息學(xué)
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R語(yǔ)言中的機(jī)器學(xué)習(xí)
1. 機(jī)器學(xué)習(xí)的訓(xùn)練集和驗(yàn)證集拆分 需要一個(gè)R包：caret 代碼： library(caret) set.seed(12) #按照75%的比例拆分?jǐn)?shù)據(jù)集，data為原始數(shù)據(jù)...
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分享各種各樣的科研日常。
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醫(yī)學(xué)生，公眾號(hào)“生信與臨床”，歡迎大家關(guān)注。<br><br>
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如何給熱圖heatmap添加指定的標(biāo)簽？當(dāng)我們畫熱圖（heatmap）的時(shí)候，如果基因的名字比較多的時(shí)候，在熱圖中展示的話，就會(huì)出現(xiàn)名字重疊的情況，針對(duì)這個(gè)情況，我們有兩種比較好的解決辦法，第一是在熱圖中僅顯示關(guān)注...
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文章復(fù)現(xiàn)進(jìn)程3這篇一部分復(fù)現(xiàn)的文章是Comprehensive Analysis of the Expression and Prognosis for E2Fs in Human Bre...
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DAVID富集分析及R語(yǔ)言可視化DAVID富集分析 DAVID富集支持多種基因名類型，本次以genesymbol為例 DAVID：https://david.ncifcrf.gov/ 進(jìn)入之后跟著以下步驟操...
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R語(yǔ)言-均值填充缺失值
在基因芯片數(shù)據(jù)或其他類型數(shù)據(jù)中，采用計(jì)算所有樣本的平均值從而進(jìn)行填充，如果需要用中位數(shù)或其他統(tǒng)計(jì)量填充時(shí)只需修改相應(yīng)的方法即可 #1. 檢查是否有缺失值 which(is.n...
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GSEA的分析匯總-轉(zhuǎn)載
GSEA的分析匯總 學(xué)習(xí)GSEA 生信技能樹 GSEA的統(tǒng)計(jì)學(xué)原理試講 GSEA GSEA這個(gè)java軟件使用非常方便，只需要根據(jù)要求做好GCT/CLS格式的input文件就...
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R語(yǔ)言繪圖包07--多集合可視化UpSetRR語(yǔ)言繪圖包系列： R語(yǔ)言繪圖包01--優(yōu)秀的拼圖包patchwork[http://m.itdecent.cn/p/e57555d48c91] R語(yǔ)言繪圖包02--熱...
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R語(yǔ)言-limma差異分析與heatmap繪制#mRNA表達(dá)矩陣與GROUP文件樣式，heatmap樣式見(jiàn)文章最后 library(limma) mRNA <- read.table("表達(dá)矩陣.txt",sep = "...
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R語(yǔ)言-均值合并多個(gè)探針對(duì)應(yīng)一個(gè)基因
數(shù)據(jù)框：mRNA； 基因名列：Symbol（在該數(shù)據(jù)框最后一列）； results = t(sapply(split(mRNA,mRNA$Symbol),function(x...
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單細(xì)胞RunPCA()結(jié)果解讀+DimHeatmap的用法單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://m.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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《機(jī)器學(xué)習(xí)與R語(yǔ)言實(shí)戰(zhàn)》筆記匯總簡(jiǎn)介 這本書是一位韓國(guó)的數(shù)據(jù)科學(xué)家寫的書，書并不新，幾年前的，虛擬機(jī)都已經(jīng)過(guò)時(shí)，但全書讀下來(lái)最大的感受是內(nèi)容寫的很詳細(xì)，可以照著步驟實(shí)踐，加深了對(duì)機(jī)器學(xué)習(xí)的理解，或者說(shuō)是一本...
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