在實(shí)踐之前，我先查找了一下有關(guān)組蛋白修飾的知識點(diǎn)：（參考文章：http://m.itdecent.cn/p/8aca72809c5c） 組蛋白修飾能預(yù)測染色質(zhì)的類型（異...
發(fā)簡信
IP屬地：寧夏
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ChIP-seq實(shí)踐(H3K27Ac,enhancer的篩選和enhancer相關(guān)基因的GO分析) -
把顯著性添加給玩明白
1.編示例數(shù)據(jù) 到這一步，拿到了一個(gè)編的表達(dá)矩陣。 2.格式轉(zhuǎn)換 表達(dá)矩陣要畫ggplot2箱線圖，肯定是要先轉(zhuǎn)變格式的，否則ggplot2代碼無法下手寫。 3.畫箱線圖 [...
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linux下面安裝java
root下面安裝全局的JDK 以debian為例debian下載jdk：https://download.oracle.com/otn-pub/java/jdk/13.0.2...
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2 ***** ***** ERROR: Requested column 10, but database file - only has fields 1 - 8.
使用bedtools時(shí)報(bào)錯(cuò)： ***** ERROR: Requested column 10, but database file - only has fields 1 ...
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靚圖教程！論文圖片配色、線條及排版人都是視覺動(dòng)物，喜歡漂亮的事物，看人的時(shí)候是這樣，看文章的時(shí)候也是這樣。有的文章排版疏朗，配圖雅致，看著就叫人心曠神怡。 論文配圖是醫(yī)學(xué)研究 SCI 的一個(gè)重要板塊，這也是文...
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6.Error in quantile.default(y, probs = seq(0, 1, length = groups)) : 'na.rm'如果設(shè)為FALSE的話不允許有遺漏值...
分訓(xùn)練集和測試集時(shí)：sam<- createDataPartition(meta$event, p = 0.05) 報(bào)錯(cuò)：Error in quantile.default(...
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5.Error in na.fail.default(list(time = c(8.066666 : 對象里有遺漏值
隨機(jī)森林otu_forest <- randomForest(time ~ ., data = otu, importance = TRUE, ntree = 500) 報(bào)錯(cuò)...
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R語言進(jìn)行相關(guān)性分析相關(guān)性分析 相關(guān)性分析是指對兩個(gè)或多個(gè)具備相關(guān)性的變量元素進(jìn)行分析，從而衡量兩個(gè)變量因素的相關(guān)密切程度。相關(guān)性分析旨在研究兩個(gè)或兩個(gè)以上隨機(jī)變量之間相互依存關(guān)系的方向和密切程...
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TCGA甲基化數(shù)據(jù)質(zhì)量控制和差異分析（使用ChAMP包）參考文章：1.甲基化芯片入門學(xué)習(xí)-ChAMP包（二）2.TCGA數(shù)據(jù)庫的癌癥甲基化芯片數(shù)據(jù)重分析3.TCGA甲基化芯片數(shù)據(jù)質(zhì)控和過濾4.甲基化芯片數(shù)據(jù)的差異分析5.甲基化芯片...
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limma 差異分析透徹講解基因表達(dá)差異分析是我們做轉(zhuǎn)錄組最關(guān)鍵根本的一步，edgeR+limma是目前最為推薦的方式。本文結(jié)合示例數(shù)據(jù)，將對這個(gè)過程進(jìn)行梳理，讓你明白limma包的why，what，h...
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使用bedtools劃分各種條件的bin
參考染色體大小文件chrom.size 將染色體劃分為20bp為一個(gè)bin的區(qū)間 將染色體劃分成20bp為一個(gè)bin滑動(dòng)距離為10bp的區(qū)間 將每條染色體劃分為5個(gè)相同大小的...
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聊UCSC xena的數(shù)據(jù)下載問題作者：白介素2 UCSC xena數(shù)據(jù)存儲中心總覽 UCSC xena的數(shù)據(jù) 存儲倉庫主要包括的數(shù)據(jù)有以下這些： TCGA hub Pan-Cancer Atlas Hub ...
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免疫學(xué)碩士一枚～<br>生信熱愛者但是小白一枚~<br>目前成就為0~<br>加油哦，一大波成就正在路上啦~<br>啾~豬莎要加油哦~
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TCGA甲基化數(shù)據(jù)下載以及相關(guān)臨床信息整理之前的文章里已經(jīng)按照教程進(jìn)行了TCGA數(shù)據(jù)庫的一些練習(xí)（RNA-seq、芯片、生存分析），現(xiàn)在學(xué)習(xí)TCGA甲基化數(shù)據(jù)的分析過程。 參考文章：1.甲基化的一些基礎(chǔ)知識2.Mak...
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變異數(shù)據(jù)處理（4）corralation 0.輸入數(shù)據(jù)和R包 2.任意兩個(gè)基因的相關(guān)性分析 2.1 簡單繪圖 使用ggpbur。 2.2 按照stage分組 不僅stage，任意在meta信息...
