要做選擇性消除分析，首先就要把如下的理論記住熟記于心。 中性進(jìn)化假說： 分子水平上，生物的演化或物種的進(jìn)化并不是自然選擇引起的，而是由中性/近中性的突變等位基因經(jīng)過遺傳漂變引...
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群體進(jìn)化選擇消除分析 -
基因流分析——Treemix基本概念： 基因流（也稱基因遷移） 是指從一個(gè)物種的一個(gè)種群向另一個(gè)種群引入新的遺傳物質(zhì)，從而改變?nèi)后w“基因庫(kù)”的組成。通過基因交流向群體中引入新的等位基因，是遺傳變異一個(gè)非...
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無參轉(zhuǎn)錄組序列組裝 — Trinity轉(zhuǎn)錄組分析策略 轉(zhuǎn)錄組分析策略根據(jù)有無參考轉(zhuǎn)錄組可以分為兩類： 有參比對(duì)—定量—差異分析—功能富集分析等 無參組裝—定量—差異分析—功能富集分析等image 無參考轉(zhuǎn)錄組序列...
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重測(cè)序數(shù)據(jù)（簡(jiǎn)化基因組和非簡(jiǎn)化基因組）的Clean data 到snp-indel的vcf步驟
最近有多個(gè)朋友問我關(guān)于二代重測(cè)序數(shù)據(jù)的分析問題（clean data 到vcf），我寫了一個(gè)完整的步驟如下，若你是多個(gè)樣品進(jìn)行分析，最好是寫 循環(huán)語句，這里我僅舉一個(gè)例子“s...
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RNA-seq 數(shù)據(jù)處理（二）StringTie 轉(zhuǎn)錄本組裝StringTie 是用于 RNA-seq 的轉(zhuǎn)錄本組裝和定量軟件。 本文只是個(gè)筆記記錄，更詳細(xì)的內(nèi)容還是要看說明書。 StringTie: Transcript assem...
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利用purge_haplotigs去雜合當(dāng)基因組某些區(qū)域可能有著比較高的雜合度，這會(huì)導(dǎo)致基因組該區(qū)域的兩個(gè)單倍型被分別組裝成primary contig， 而不是一個(gè)為primary contig， 另一個(gè)是ass...
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用k-mer分析進(jìn)行基因組調(diào)查：（一）基本原理（全文5058字） 【推薦】用Smudgeplot評(píng)估物種倍性后，用組合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍體物種的基因組調(diào)查，用組合KMC+GenomeS...
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minimap2 + samtools 比對(duì)參考序列，并提取unmapped reads
一、minimap2 Manual Reference Pages - minimap2 (1)[https://lh3.github.io/minimap2/minima...
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二代群體遺傳與重測(cè)序（上）上已完結(jié)，中見http://m.itdecent.cn/p/0147afc3334c[http://m.itdecent.cn/p/0147afc3334c] 零...
