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240 發(fā)簡信
IP屬地:云南
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    基因組文章構成

    1.genome survey 數(shù)據(jù)過濾去除測序原始數(shù)據(jù)中可能包含低質量、接頭污染以及含 N 過高的 reads NT比對通過BLAST對下機數(shù)據(jù)過濾后的有效數(shù)據(jù)進行 NT ...

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    從零開始學Circos繪制圈圖(一)

    一般基因組文章都會有下面這種酷炫圖,用來描述基因組的基因密度分布,轉座子的密度分布,和其他物種或者多倍體的多套染色體間的共線性關系,以及其他各種你只要測序就能加上的信息,比如...

  • 好的!感謝感謝!

    pse-genome(偽基因組)的制作

    最近做課題,要做pse-genome。什么意思呢,就是要把某個個體call出來的snp替換掉參考基因組對應位置的堿基。這個剛開始接觸的時候,頭皮發(fā)麻,不知道咋入手。后來發(fā)現(xiàn)用...

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    繪制 SNP 密度圖

    一般使用 CMplot 繪制SNP密度圖:包鏈接:https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要繪制 SNP 密度圖,僅僅需要三列即可:a. 第...

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    Markdown基本語法

    Markdown是一種純文本格式的標記語言。通過簡單的標記語法,它可以使普通文本內容具有一定的格式。 相比WYSIWYG編輯器 優(yōu)點:1、因為是純文本,所以只要支持Markd...

  • GATK4已經省了這兩步了,全都整合在了HaplotypeCaller里面

    bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程

    call SNP GATK bwa+samtools 參考文檔 一、原始數(shù)據(jù)處理 測序得到的RAW DATA,使用NGSQCToolkit進行過濾$PATH/Il...

  • 大神,您好!冒昧的打擾,請教個問題。我在用bismark比對的時候,調用bowtie2報錯,以前是可以跑通的,請問遇到過這種問題嗎?報錯如下:Error reading _ebwt[] array: 5231232, 124768704 Error: Encountered internal Bowtie 2 exception (#1)

    DNA甲基化

    DNA甲基化是表觀遺傳學研究中的一個重要一個分支,符合表觀遺傳學DNA的序列信息沒有改變的特地點,而是DNA的堿基發(fā)生了化學修飾。最常見的一種修飾如5-甲基胞嘧啶(5-met...

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