今天的推文繼續(xù)重復(fù)論文中的原圖 在簡(jiǎn)書 土豆學(xué)生信 分享的內(nèi)容看到這篇論文 簡(jiǎn)書的鏈接是 http://m.itdecent.cn/p/bbf9cb13b41a[htt...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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跟著Nature Methods學(xué)畫圖：R語(yǔ)言ggplot2畫氣泡圖（dotplot）展示基因表達(dá)量 -
Juicer: 輔助基因組組裝
Juicer: 輔助基因組組裝 導(dǎo)讀 本文主要對(duì)處理HiC數(shù)據(jù)的Juicer程序進(jìn)行一個(gè)簡(jiǎn)短的介紹，并展示如何利用Juicer進(jìn)行基因組組裝中染色體掛載的第一步。 1. 介紹...
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LASTZ說(shuō)明文檔（一）LASTZ說(shuō)明文檔(v1.04.15, Aug27 2021 build)本文參考自LASTZ發(fā)行版[http://www.bx.psu.edu/~rsharris/last...
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ANOVA test內(nèi)容 ANOVA 定義 使用ANOVA目的 三種常見的ANOVA R中應(yīng)用ANOVA ANOVA 定義Analysis of variance縮寫成為ANOVA。中文叫做，變...
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隨筆 | 近日二三樂(lè)事初建辦公環(huán)境 去年寒假，基本每個(gè)星期都在貴廣飛來(lái)飛去。到貴陽(yáng)時(shí)，除了帶娃，還是要搞一些工作。一直用筆記本遠(yuǎn)程辦公，多少還是不太方便，尤其是筆記本用著用著會(huì)發(fā)燙，似乎有點(diǎn)對(duì)不起...
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ShortStack的安裝與運(yùn)行安裝 ShortStack依賴的軟件包括perl、samtools、bowtie、bowtie-build、gzip、RNAfold，檢查了一下，服務(wù)器中都符合要求，不需要額...
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[富集分析] 3、clusterprofile富集分析--下游可視化1、富集分析的背景知識(shí) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)[http://m.itdecent.cn/p/0b938d0e652c]2、clusterprofile富...
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[富集分析] 2、clusterprofile富集分析--上游分析1、富集分析的背景知識(shí) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)[http://m.itdecent.cn/p/0b938d0e652c]2、clusterprofile富...
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Flask數(shù)據(jù)模型：使用flask-sqlalchemy操作數(shù)據(jù)庫(kù)摘要：Flask，flask-sqlalchemy flask-sqlalchemy概述 SQLAlchemy是一個(gè)基于Python實(shí)現(xiàn)的ORM（對(duì)象關(guān)系映射）框架，使用關(guān)系...
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HISAT2 Bowtie2 提取唯一比對(duì) unique mapping reads
把read比對(duì)到基因組之后，需要提取唯一比對(duì)來(lái)進(jìn)行下一步分析。 bowtie2和HISAT2 都沒有只輸出唯一比對(duì)的命令，所以需要對(duì)比對(duì)結(jié)果sam文件進(jìn)行提取，可以通過(guò)sam...
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關(guān)于SNP的過(guò)濾（1）：如何使用vcftools進(jìn)行SNP過(guò)濾
前言 很多關(guān)注我這個(gè)專題的朋友都在后臺(tái)留言，說(shuō)想了解更多關(guān)于SNP過(guò)濾的東西。是的，確實(shí)這是一個(gè)比較重要的問(wèn)題。第一，過(guò)濾到一些低質(zhì)量的SNP可以防止calling一些假陽(yáng)性...
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不再更新
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— circlize chordDiagram 高級(jí)用法前言 默認(rèn)風(fēng)格的 chordDiagram() 已經(jīng)可以滿足大部分需求了，下面我們介紹一些更高級(jí)別的圖形配置 使用 1. 軌跡的排布 chordDiagram() 函數(shù)默認(rèn)會(huì)...
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deepTools 使用指南deepTools 是一套基于python開發(fā)的工具，適用于有效處理分析高通量測(cè)序數(shù)據(jù)，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。 #1. deepT...
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經(jīng)典機(jī)器學(xué)習(xí)算法的極簡(jiǎn)實(shí)現(xiàn)（Python+NumPy）大三的時(shí)候曾花兩個(gè)星期學(xué)習(xí)了幾個(gè)經(jīng)典的機(jī)器學(xué)習(xí)算法，學(xué)習(xí)方法主要是白天參考《統(tǒng)計(jì)學(xué)習(xí)方法》推導(dǎo)公式，晚上利用公式編寫實(shí)現(xiàn)。在參考GitHub上算法實(shí)現(xiàn)時(shí)，我發(fā)現(xiàn)其中大多數(shù)都比...
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BSA分析：GATK4的使用(包括bwa)
注意：版本不同，命令會(huì)不一致。一定要用對(duì)應(yīng)的版本。 需要登錄google賬戶 GATK3的下載地址[https://console.cloud.google.com/stor...
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VCF格式劉小澤寫于18.7.17所有的數(shù)據(jù)，一旦要找變異位點(diǎn)信息，就離不開VCF。豆豆也是在寫一個(gè)重測(cè)序的操作流程，遇到了VCF文本，之前也是沒有了解過(guò)，這次再多學(xué)一個(gè)格式官方最新說(shuō)...
