發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：安徽
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第六步：mRNA的差異表達(dá)deseq2 edg limma 區(qū)分
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復(fù)現(xiàn)一篇文章前言 此復(fù)現(xiàn)過(guò)程全程由kinesin老師指導(dǎo)，過(guò)程有點(diǎn)復(fù)雜，如發(fā)現(xiàn)問(wèn)題，請(qǐng)及時(shí)簡(jiǎn)書聯(lián)系我，我及時(shí)更改,主要復(fù)現(xiàn)標(biāo)準(zhǔn)化免疫細(xì)胞組成的生存分析。 下...
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單細(xì)胞的GO KEGG GSEA GSVA分析今天抽個(gè)空把單細(xì)胞領(lǐng)域的GO KEGG GSEA GSVA都做了一遍，跑完以后的感覺就是有這樣的理解，就是單細(xì)胞我首先會(huì)選擇做GSVA，但是我還...
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seraut自帶函數(shù)的一點(diǎn)點(diǎn)小技巧我是用seraut自帶函數(shù)作圖的，當(dāng)然很多人用ggplot做的更好看，再次提醒有人會(huì)用ggplot調(diào)好色的代碼，記得簡(jiǎn)書發(fā)給我，我就用很蠢的自帶...
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tcga中配對(duì)樣本的可視化tcga癌旁數(shù)據(jù)較少，所以有時(shí)候看配對(duì)數(shù)據(jù)的對(duì)比，更能代表基因在癌和癌旁的區(qū)別。
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突變數(shù)據(jù)的處理及柱狀圖的使用突變數(shù)據(jù)其實(shí)做的不多，代碼什么的也較少，其實(shí)也比較簡(jiǎn)單，現(xiàn)在就整理了一下，然后得到了柱形圖的代碼，一并奉上。 下載數(shù)據(jù) 自帶的包 ·#分組處理 ...
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利用SCTransform和RunHarmony做普通的單細(xì)胞批次矯正這篇文章從GSE132465下載，http://m.itdecent.cn/p/44d30d3194e4[https://www.jian...
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利用單細(xì)胞集合做免疫浸潤(rùn)分析以前一直用經(jīng)典的MCP法分免疫浸潤(rùn) 總感覺不好 上篇文章上也寫過(guò) 這次用腸癌單細(xì)胞6萬(wàn)多的細(xì)胞的特異性基因，特異性基因我是一個(gè)一個(gè)看的，我選的標(biāo)...
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用MCP法計(jì)算TCGA樣本中的免疫浸潤(rùn)下載TCGA FPKM數(shù)據(jù) 下載TCGA臨床數(shù)據(jù) XENA官網(wǎng)下載整合好的數(shù)據(jù) 整理表達(dá)矩陣 提取mRNA和gene名轉(zhuǎn)換 表達(dá)矩陣和臨床數(shù)據(jù)融...