Salmon 是轉(zhuǎn)錄本定量軟件，使用轉(zhuǎn)錄本定量主要優(yōu)點(diǎn)一是更準(zhǔn)確，比如不同樣本同一基因使用不同 isoform 此時(shí)基因長度并不相等，直接基因定量無法顧及；二是方便進(jìn)行可變剪...
IP屬地：馬里蘭州
-
Salmon 進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本定量 -
estimate 包所有函數(shù)超詳細(xì)解讀及計(jì)算免疫浸潤評(píng)分estimate包可以通過RNA-seq的數(shù)據(jù)來計(jì)算標(biāo)本的免疫及機(jī)制評(píng)分，進(jìn)而評(píng)估腫瘤的純度，其原理通過特征的腫瘤的RNA-seq的signture來評(píng)估以上內(nèi)容，其輸入文件...
-
六種方法查看R函數(shù)源代碼，為啥第三種最惹人喜歡？所謂：操千曲而后曉聲，觀千劍而后識(shí)器。 作為一個(gè)開源軟件，R的一個(gè)非常大的優(yōu)點(diǎn)就是我們可以隨意查看所有算法的源代碼，在對(duì)這些源代碼進(jìn)行分析的過程中不僅可以加深對(duì)算法的認(rèn)識(shí)，而...
-
R package：circlize環(huán)狀熱圖1.讀取基因表達(dá)數(shù)據(jù) 這是我的基因表達(dá)量數(shù)據(jù) 1.1提取部分?jǐn)?shù)據(jù)集 1.2提取基因表達(dá)值所在的列，組成新的矩陣，并將矩陣轉(zhuǎn)置 為什么要轉(zhuǎn)置，參考https://www.jia...
-
序列比對(duì)原理序列比對(duì)是非?；A(chǔ)的工作，生物信息學(xué)分析大多涉及到這一步驟，雖然大部分人不做相關(guān)算法或軟件的開發(fā)，但是了解總體的算法原理還是需要的。本文主要分為兩部分。第一部分介紹簡單的 2...
-
IsoformSwitchAnalyzeR 可變剪切分析曾經(jīng)我用 rMATS 進(jìn)行可變剪切分析，現(xiàn)在我覺得 IsoformSwitchAnalyzeR 更香。 IsoformSwitchAnalyzeR 功能總結(jié)如下。 In su...
-
火山圖新畫法整理思路：先畫出中間的火山圖，再畫左右兩張放大版的圖，最后用AI將三張圖拼接到一起，鋼筆工具畫出中間連接的小T形，同色的小矩形把連接處的實(shí)線蓋住，打造出一種藕斷絲連的神秘感（...
-
-
正確選擇相關(guān)性分析的統(tǒng)計(jì)方法
轉(zhuǎn)自：https://www.medsci.cn/article/show_article.do?id=55c91839569a 要做相關(guān)性分析，該如何選擇正確的統(tǒng)計(jì)方法？ ...
