數(shù)據(jù)比對 使用FuSeq_WES
發(fā)簡信
IP屬地：上海
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Single Cell RNA-seq Analysis 學(xué)習(xí)記錄（二）：數(shù)據(jù)整理處理原始scRNA-seq數(shù)據(jù) 2.1 FastQC 當(dāng)你獲取到單細(xì)胞下機(jī)數(shù)據(jù)的時候，第一步需要做的就是檢查數(shù)據(jù)質(zhì)量。本次教程使用的數(shù)據(jù)為(Kolodziejczyk et ...
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提取heatmap作圖中的cluster行名或者列名
此post旨在提取heatmap作圖中的cluster行名或者列名 其實，對heatmap熱圖提取cluster就是對hclust的結(jié)果提取cluster，tree_col和...
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-1：CellphoneDB常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://m.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體、配體以及兩種相互作用...
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@蓬舉舉 這一點和RRBS及WGBS的測序原理相關(guān)。
DNA甲基化測序數(shù)據(jù)處理（一）：數(shù)據(jù)比對
前言 因為組里面出了一批甲基化測序數(shù)據(jù)，使用的技術(shù)為BS-seq，處理的時候順帶記錄了學(xué)習(xí)過程，演示使用數(shù)據(jù)為官方提供的example.fastq。 DNA甲基化及CpG島定...
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@桁_COLA 你好，不好意思，簡書基本不上了。建議使用chipseerker包，Y叔出品，簡單好用。https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ChIPseeker/inst/doc/ChIPseeker.html
DNA甲基化測序數(shù)據(jù)處理（二）：差異分析
前言 銜接上一篇數(shù)據(jù)比對后的結(jié)果，使用R包DSS進(jìn)行處理。 Input文件準(zhǔn)備 我們先來復(fù)習(xí)一下上一節(jié)課得到的數(shù)據(jù)結(jié)果：*.bismark.cov.gz 文件 這里我們使用的...
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2018-09-05 Dell xps15“電源已接通，未充電” 拆機(jī)維修過程
上周用電腦時突然發(fā)現(xiàn)，插著電源，但電池越來越少，鼠標(biāo)移到電池上一看，顯示“電源已接通，未充電”。嗯？？？ 首先先百度了一下，可惜百度出來的結(jié)果都沒什么用。折騰了一晚上都沒有好...
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@lola_58bf multimapped reads不建議使用。
RNA-seq數(shù)據(jù)分析---方法學(xué)文章的實戰(zhàn)練習(xí)
前言 這次給大家?guī)淼氖?6年發(fā)表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇處理RNA-seq數(shù)據(jù)的文章：Transcript-level expression analy...
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@9395e1ea8a2e 不清楚 MACS有沒有發(fā)Windows版本，但是control可以不用
MACS2學(xué)習(xí)筆記
安裝默認(rèn)使用Conda macs2的基本命令 輸出文件包括 為了方便在IGV上查看ChIP-seq的結(jié)果和后期的可視化展示，所以我們需要把macs2的結(jié)果轉(zhuǎn)化為bw提供給IG...
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Genome Biology文章解讀：組蛋白調(diào)節(jié)因子(HMRs)只負(fù)責(zé)組蛋白修飾相關(guān)功能？如何揭示HMRs的非經(jīng)典功能
ncHMR detector: a computational framework to systematically reveal non- classical funct...
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@NICE_AGIS 不好意思回復(fù)的比較晚，簡書上的不太多。事實上做轉(zhuǎn)錄本層面的差異應(yīng)該是用深度測序的流程吧，有點類似做splicing差異。novel transcript的區(qū)別也比較簡單，就是使用已有的數(shù)據(jù)庫進(jìn)行注釋，注釋不出來的就可以當(dāng)成一個novel transcript candidate對待，不知道你是否同意。
RNA-seq數(shù)據(jù)分析---方法學(xué)文章的實戰(zhàn)練習(xí)
前言 這次給大家?guī)淼氖?6年發(fā)表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇處理RNA-seq數(shù)據(jù)的文章：Transcript-level expression analy...
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@NICE_AGIS 一般來說，RNA-seq不太會涉及到novel transcript的discovery，所以在hisat2比對玩以后，都是銜接的reads counts提取，而不是stringtie（因為還沒有成熟的流程配合）
RNA-seq數(shù)據(jù)分析---方法學(xué)文章的實戰(zhàn)練習(xí)
前言 這次給大家?guī)淼氖?6年發(fā)表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇處理RNA-seq數(shù)據(jù)的文章：Transcript-level expression analy...
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@cb6416cfb920 在點贊和down vote的側(cè)邊可以點開收藏
RNA-seq數(shù)據(jù)分析---方法學(xué)文章的實戰(zhàn)練習(xí)
前言 這次給大家?guī)淼氖?6年發(fā)表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇處理RNA-seq數(shù)據(jù)的文章：Transcript-level expression analy...
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中山大學(xué)在讀大四學(xué)生，生物技術(shù)專業(yè)，課題方向為生物信息學(xué)。未來攻讀公共衛(wèi)生碩士學(xué)位。
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最近也是從Seurat3&Monocle3轉(zhuǎn)戰(zhàn)Scanpy，發(fā)現(xiàn)真香。看到你的學(xué)習(xí)記錄不由振奮，自覺目前還是三者整合出圖才是最棒的，Scanpy的PAGA/Trajectory+ Seurat的分群作圖 + Monocle3的Trajectory
實驗記錄13: scanpy細(xì)胞分化軌跡推斷大型真香現(xiàn)場
與上次翻車實驗的不同： 過濾了更多的細(xì)胞和基因。在處理數(shù)據(jù)時，低質(zhì)量的細(xì)胞一定要清除掉，告誡大家寧缺毋濫。。。否則后續(xù)分析真的是一堆的噪點。 跳過了scanpy中的降噪步驟。...
