寫在前面 最近可能是不少人要趕畢業(yè)論文，于是找上了 TBtools，并急急忙忙希望解決自己的問題。于是，他們總是會在群里 @我 或者 @管理員。事實上，這是一個違背群約定的事...
發(fā)簡信
IP屬地：臺灣
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TBtools | 開箱須知 -
@斬毛毛 多物種就要選前景枝和背景枝吧，打個比方，1物種和2物種是聚在一起的，3物種是聚在大枝的，那結(jié)果里也會有1物種和3物種的基因?qū)Φ慕Y(jié)果嗎
paml計算 KaKs值
此前介紹利用Kaks_calculator計算ka/ks 值，本次對paml 進(jìn)行計算kaks做一簡單介紹。 軟件安裝 PAML 可實現(xiàn)系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建，祖先序列估計,進(jìn)化模...
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BLAST（2.12.0+）使用記錄文章僅是記錄自己的學(xué)習(xí)使用，有錯誤請指出，我立刻改正！ 官方說明：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279684/#appendic...
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@GaGaLab 是我搞錯了，放到Rstudio里面運行，就有結(jié)果生成了。謝謝回信。
RSEM的TPM,FPKM,COUNT數(shù)據(jù)整合
RSEM的數(shù)據(jù)整合只能整合count內(nèi)容所以簡單寫了個函數(shù)整合RSEM的TPM,FPKM,COUNT
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@GaGaLab 我生成的是樣本名稱，大佬是這樣的嗎
RSEM的TPM,FPKM,COUNT數(shù)據(jù)整合
RSEM的數(shù)據(jù)整合只能整合count內(nèi)容所以簡單寫了個函數(shù)整合RSEM的TPM,FPKM,COUNT
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隨筆 | 「生物軟件開發(fā)」一把死鎖
「生物信息」概念被提出已有許多年，可以說比我年齡大了許多。但到底是什么，不同人有不同定義。尤其自高通量測序出現(xiàn)，對于生物信息來說，有一大波變化。而我時常與相似背景的朋友提及，...
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ggplot2畫富集分析圖，帶縮短文本長度今天骨科一位學(xué)生問我他在做富集分析的時候，得到的文字太長了，如何讓文字分開的問題，其實富集分析經(jīng)常會得到一些結(jié)果的標(biāo)題很長很長，不管是barplot還是dotplot都會出現(xiàn)...
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@tttxd 那就一個一個來吧，速度應(yīng)該也挺快的吧，我也只試過一個物種的
尋找R gene三種方法之RGAugury
特別感謝賣萌哥[http://m.itdecent.cn/u/77fc519c6fa2]對于R gene的資源分享和指導(dǎo)幫助 參考文獻(xiàn)：RGAugury: a pipe...
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用TBtools，快速高效實現(xiàn)基因組共線性分析與可視化， 贊！寫在前面 對于沒有做過共線性分析的小伙伴，可以通過以下幾段內(nèi)容，了解一下，我為什么要費勁巴拉畫出這樣一張圖。 除了基因組成的相似性,在不同基因組中基因排列順序的一致性更能夠體...
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1-【antiSMASH_5.2.0】的安裝和使用(2021.1.26更新)
安裝時間：2021.1.26常用次生代謝產(chǎn)物預(yù)測軟件：antiSMASH[https://antismash.secondarymetabolites.org/#!/star...
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@32047e0c8ad2 具體從什么版本變更到怎么版本，分享一下吧
尋找R gene三種方法之RGAugury
特別感謝賣萌哥[http://m.itdecent.cn/u/77fc519c6fa2]對于R gene的資源分享和指導(dǎo)幫助 參考文獻(xiàn)：RGAugury: a pipe...
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想嘗試這個數(shù)據(jù)庫，注冊了帳號好像需要激活才能使用
【數(shù)據(jù)庫】RxnFinder
由胡春楠老師團(tuán)隊開發(fā)的生物合成反應(yīng)數(shù)據(jù)庫（RxnFinder），這個數(shù)據(jù)庫由專門的公司團(tuán)隊在維護(hù)更新。下面是官網(wǎng)介紹： 微生物細(xì)胞工廠在生產(chǎn)大宗化學(xué)品、天然產(chǎn)品、生物燃料等方...
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@32047e0c8ad2 評論好像不能放圖片。如果沒報錯，按理是不會為0的
尋找R gene三種方法之RGAugury
特別感謝賣萌哥[http://m.itdecent.cn/u/77fc519c6fa2]對于R gene的資源分享和指導(dǎo)幫助 參考文獻(xiàn)：RGAugury: a pipe...
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插件 | 給一堆「doi」，出一堆「論文.pdf」寫在前面 最近給研究生師弟師妹講一門名為「園藝植物生物信息學(xué)實踐」的選修課... 計劃10~30人，估摸系統(tǒng)出了問題，最終選了 44 人。盡管我盡可能勸退，但仍然有 68+ ...
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??還在為批量下文獻(xiàn)而發(fā)愁嗎，來tbtools
插件 | 給一堆「doi」，出一堆「論文.pdf」
寫在前面 最近給研究生師弟師妹講一門名為「園藝植物生物信息學(xué)實踐」的選修課... 計劃10~30人，估摸系統(tǒng)出了問題，最終選了 44 人。盡管我盡可能勸退，但仍然有 68+ ...
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如何在IGV上使用BLAT搜索非模式物種IGV提供了BLAT，用于進(jìn)行序列搜索，但可惜我一直用不上，因為它默認(rèn)是調(diào)用了UCSC的CGI工具，將我們的輸入序列發(fā)送到https://genome.ucsc.edu/cg...
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今天剛搜過，今天就出現(xiàn)了??
神器！| 加速訪問 github ，加速你的科研
寫在前面 目前，github 應(yīng)是生信軟件擺放的主流倉庫。比如我們熟悉的TBtools， Seqkit，IGV等等。當(dāng)然，甚至很多時候，我們會發(fā)現(xiàn)一些高水平的分析類文章直接講...
