發(fā)簡信
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群體結(jié)構(gòu)分析的繪圖腳本，基于sns腳本 首先導(dǎo)入需要用到的包。--order和-n都是用于指定順序的，有一個參數(shù)就可以了。其他都是必選參數(shù)。 核心的排序函數(shù)和繪圖函數(shù) 讀入數(shù)據(jù)，...
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尋找SV.vcf文件中是否含有某個片段的插入現(xiàn)在已知這個片段在3號染色體上，基本思路是先將vcf文件變成fa文件，然后用blastn處理。 第四列記錄的是INS的序列內(nèi)容 在實際操作過程中...
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重測序-篩去部分樣品并統(tǒng)一編號
篩取vcf中的樣品 samplelist_vcf.txt中按列排樣本名即可 重命名，再轉(zhuǎn)為bed文件 rename_snp.txt是一個兩列文件...
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一個練習(xí)題
15-1 定義一個新的名為Circle的類表示圓形，它的屬性有center和radius，其中center是一個Point對象，而radius是...
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GWAS中的曼哈頓圖與QQ圖（CMplot）
輸入文件為exmma的輸出ps文件，整理為ps2文件，格式如下 調(diào)用命令為
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基于sort和uniq的集合操作（簡單明了）
sort:用于將文本文件內(nèi)容加以排序 uniq:刪除文件中重復(fù)的行，得到文件中唯一的行 交集 （用sort將a.txt b.txt文件進(jìn)行排序，...
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從質(zhì)控log文件中提取堿基過濾信息（python實現(xiàn)）
先準(zhǔn)備文件路徑 有些代碼是可有可無的，忘了刪了
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基于barcode拆分二代序列
為了節(jié)約成本，研究者們通常會把多個樣品混在一個文庫，并給不同樣品加上一段 Barcode 序列。在后續(xù)的生物信息分析中，根據(jù) Barcode 序...
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二代群體遺傳與重測序（下）五.種群歷史與基因交流 書接上回http://m.itdecent.cn/p/0147afc3334c[https://www.jians...