如果根據(jù)SNP或者Indel 構(gòu)建其系統(tǒng)進化樹，可以展示群體中不同個體的相互關(guān)系，基因變異相似的往往會在同一個樹的cluster中，一顆好的樹可...
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如何構(gòu)建SNPs-based phylogenetic tree
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R中數(shù)據(jù)可視化的n種形式今天給大家推薦一個網(wǎng)站，該網(wǎng)站為我們提供了數(shù)據(jù)可視化的多種形式。 網(wǎng)站的名字叫做r-graph-gallery，具體的網(wǎng)址：https://ww...
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使用R語言繪制熱圖：R包pheatmap的全參數(shù)詳細(xì)介紹pheatmap參數(shù)： 網(wǎng)上有針對熱圖繪制的粗略講解，但是都是參數(shù)不完整，可能不能滿足所有人需求，于是手動整理了熱圖的全參數(shù)介紹。 mat 數(shù)組...
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RNA-seq: Kallisto+Sleuth(1)本文我們來簡單介紹一下非常快捷好用的一個RNAseq工具——Kallisto。Kallisto被我推薦的原因是其速度非常快，在我的Mac Pro...
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生物信息數(shù)據(jù)庫的使用superqun 原創(chuàng)于簡書 手工目錄： Q1:如何在肺癌數(shù)據(jù)庫中選出k-ras突變的病人樣本。 1. 使用GDC下載。 在GDC portal...
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RNA-seq:Kallisto+Sleuth (2)Kallisto下游推薦的分析軟件是Sleuth，所以我們本次介紹如何使用Sleuth進行相關(guān)的分析。 RNA-seq在完成轉(zhuǎn)錄本的鑒定及定量后...
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The Connectivity Map-揭示化合物，基因和疾病狀態(tài)的功能聯(lián)系The Connectivity Map, or CMap, is a resource that uses cellular response...
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Adonis與ANOSIM檢驗究竟是什么？做微生物16S測序的時候，公司的報告里經(jīng)常會給到兩種檢驗Adonis和ANOSIM，聽過t.test、wilicox、anova各種檢驗，那么A...
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GOplot 可視化基因富集分析結(jié)果GOplot 包通過封裝好的函數(shù)可視化基因功能分析結(jié)果。 #1. 安裝 #2. GOplot 內(nèi)置數(shù)據(jù) ##2.1 腦和心臟內(nèi)皮細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)...
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提取半數(shù)以上樣本中CPM大于2的基因
CPM<-read.table("~/Desktop/OneDrive/GTEx/cpm.tsv",header = T,row.names =...
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