前言：寫這篇文章的目的是為了梳理一下學(xué)習(xí)思路，按部就班地仿生信菜鳥團(tuán)和簡書：Y大寬教程大綱，做歸納整理，即便再次運(yùn)行，仍然遇到代碼出錯(cuò)或者軟件使...
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RNA-seq實(shí)戰(zhàn) -
轉(zhuǎn)錄組分析——STAR+RSEM+Deseq2STAR+RSEM+Deseq2視頻課程鏈接已經(jīng)公開, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?...
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轉(zhuǎn)錄組全新學(xué)習(xí)之總篇
Y叔的RNA-seq workflow 強(qiáng)力推薦[https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow]...
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[前期]無參轉(zhuǎn)錄組知識(shí)儲(chǔ)備
劉小澤寫于19.1.25最近要開始一批無參轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)，我喜歡在學(xué)東西時(shí)先學(xué)一些知識(shí)儲(chǔ)備，現(xiàn)在不太喜歡拿來代碼直接去跑，可能對(duì)背后的原理性東西想要...
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無參轉(zhuǎn)錄組起步劉小澤寫于19.2.1??發(fā)覺好久沒寫了，果然臨近過年事情比較多，最近重新開始無參轉(zhuǎn)錄組。這次先從數(shù)據(jù)下載做到得到組裝的轉(zhuǎn)錄本 數(shù)據(jù)來源 Defi...
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一個(gè)超簡單的轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目全過程--iMac+RNA-Seq（四）featureCounts
好久沒更新啦，因?yàn)樽罱鼪]有在跑項(xiàng)目哦，所以就擱置了，最近要做一兩張圖，所以把前面寫的教程先發(fā)布一下~ 前期文章 一個(gè)超簡單的轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目全過程--...
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一個(gè)超簡單的轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目全過程--iMac+RNA-Seq（三）Alignment 比對(duì)前期文章 一個(gè)超簡單的轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目全過程--iMac+RNA-Seq（一）一個(gè)超簡單的轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目全過程--iMac+RNA-Seq（二）QC 3 ...
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一個(gè)超簡單的轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目全過程--iMac+RNA-Seq（二）QC前期文章 一個(gè)超簡單的轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目全過程--iMac+RNA-Seq（一） Q1: 在上一期中，有人問到：為什么不能用toplevel的參考基因組...
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一個(gè)超簡單的轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目全過程--iMac+RNA-Seq（一）
由于實(shí)驗(yàn)室沒有服務(wù)器，我只有一臺(tái)iMac，跟之前學(xué)的時(shí)候已經(jīng)有完善的服務(wù)器系統(tǒng)完全不一樣，我需要在iMac上搭建環(huán)境用于分析數(shù)據(jù)。 0. 準(zhǔn)備工...
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1.轉(zhuǎn)錄組 | 上游分析（數(shù)據(jù)下載，比對(duì)，計(jì)數(shù)）參考：轉(zhuǎn)錄組分析記錄； 轉(zhuǎn)錄組入門和進(jìn)階以下內(nèi)容為轉(zhuǎn)錄組全部的上游分析，包括下載數(shù)據(jù)、比對(duì)、計(jì)數(shù)得到表達(dá)矩陣。https://www.ncbi....
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