簡單說明： 從2.28.0版開始，bedtools使用htslib庫支持CRAM格式 除了BAM文件，bedtools默認(rèn)所有的輸入文件都以TA...
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Bedtools genomecov 計算覆蓋度 -
除了GO基因本體論，還有PO、TO、CO等各種Ontology？我們最常用最熟悉的功能數(shù)據(jù)庫之一：GO（gene onotology），基因本體論。其實是一套標(biāo)準(zhǔn)詞匯術(shù)語，目的是從不同角度來描述某個基因的特點...
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把基因畫在染色體上之前有一次，我導(dǎo)說“能不能把這些基因按順序畫在果蠅的染色體上”，因此，我尋找了一些實現(xiàn)這個需求的方法。經(jīng)過一番奇奇怪怪的操作之后，最終用ggpl...
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2019-11-08 記錄CNV數(shù)據(jù)分析學(xué)習(xí)（四）昨天在復(fù)習(xí)Linux基礎(chǔ)知識，沒有繼續(xù)記錄，今天繼續(xù)參考學(xué)習(xí)資料TCGA CNV全攻略 具體數(shù)據(jù)處理流程見NIH的TCGA官網(wǎng)：https://...
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GTF與GFF一、格式介紹 （一）gtf 文件。GTF 為General Transfer Format縮寫，跟 GFF2格式類似。相信大家做轉(zhuǎn)錄組分析時候經(jīng)...
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CNV calling | DELLY基于paired-end mapping methods 和 split-read analysis，檢測結(jié)構(gòu)變異。 寫在前面 Delly is...
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使用Plink對CNV做GWAS分析（一）
Introduction 隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展，這些年關(guān)于CNV（拷貝數(shù)變異）的研究也逐漸多了起來。以往CNV主要通過PCR或者CGH芯片等...
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